母喪期滿後，主管永興軍耀州三白渠公事。
此時，童貫任該區域宣撫使，許多士大夫争相登門巴結讨好，可邵伯溫聽說童貫要來，趕緊出走他州以避童貫。
邵伯溫在知果州期間，上書請罷歲輸泸南諸州绫絹、絲綿數十萬以寬民力。
後被命知興元府、遂甯府、..州，皆托辭不赴任，最後被擢升為提點成都路刑獄。
時農民起義首領史斌率部攻破武休，進入漢中、利路，并打算奪取劍門關，邵伯溫與成都帥臣盧清原合謀守劍門，緻使斌不能過關，蜀人因此對邵伯溫十分感激。
邵伯溫後任利路轉運副使，提舉太平觀。
紹興四年(1134)，邵伯溫去世，時年七十八歲。
邵雍曾經說：“世道很亂，而川蜀安定，可避居。
”在宣和末年(1125)，邵伯溫舉家遷往四川，因此避免了北宋末年的戰亂之災。
邵伯溫曾論元..、紹聖年間(1086～1098)的政治說：“公卿大夫，應當識國體，按理對蔡确等奸邪之徒，縱然置之于死地，也不足為惜。
然而，既然蔡确曾為宰相，就應以宰相之禮待之。
範忠宣有文正之餘風，可謂知國體者，所以他想盡量淡化蔡确之罪。
當他的意見被拒絕後，隻得退而行蔡确詞命，然後請求辭官，這就體現了君子長者仁人之用心。
蔡确死于南方荒蠻之地，難道僅僅隻是有傷國體嗎？劉摯、梁焘、王嚴叟、劉安世等人忠直有餘，然又疾惡之心太甚，不識禮統，這就為後日的士大夫之禍開了先河，因而不能不說他們沒有過錯。
”
趙鼎年青時跟從邵伯溫學習，後來趙鼎做了宰相，上表請求追封邵伯溫，朝廷遂追贈邵伯溫為秘書閣修撰。
趙鼎為邵伯溫做墓志銘說“：邵伯溫以學識行起于元..年間，以名節居處于紹聖年間，以言論受貶于崇甯年間。
”世人皆認為趙鼎這三句話概括了邵伯溫一生的曆程。
邵伯溫所著之書有《河南集》、《聞見錄》、《皇極系述》、《辯誣》、《辨惑》、《皇極經世序》、《觀物内外篇解》等近百卷。
他有三個兒子，分别名為邵薄、邵博、邵傅。