主管武夷山的沖佑觀。
紹定五年(1232)，又改提舉江州太平興國宮，不久又知遂甯府，他辭謝不拜受。
後升任寶章閣待制、潼川路安撫使、知泸州。
泸州是一個大藩屏，控制邊境的面積達兩千裡，而武備都不修，城廓廢弛。
魏了翁乃奏請修繕泸州的城樓垣牆和雉堞，并增置軍械，訓練盾牌手，申明軍紀，興辦學校，蠲免欠稅，恢複社倉，修建義冢，修辦養濟院。
隻有幾個月，百廢就俱興。
時值史彌遠逝世，皇帝親自主管朝政，魏了翁被提升為華文閣待制，賞賜了金帶，仍留居原任。
魏了翁考慮到國家權臣相繼出現，他們在朝内把持國柄，朝外改變風俗，使國家的綱常淪喪，法度廢弛，貪污邪惡者在位，舉辦任何事情都弊蠹叢生，簡直不能夠清除。
于是，他便就應诏上疏，論述十大弊端，請求恢複舊日的典章制度，以昭明新的教化：其一是恢複三省的制度以加強六部的地位；其二是恢複二府的制度以聚集衆多的建議；其三是恢複都堂的制度以加強省府的權力；其四是恢複侍從的制度以經常聽到忠告；其五是恢複經筵的制度以廣大皇帝的學識；其六是恢複台谏的制度以昭示官員罷黜和提升的公平；其七是恢複制诰的制度以嚴肅皇帝的命令；其八是恢複聽言的制度以通達下面的民情；其九是恢複三衙的制度以加強皇帝的威嚴；其十是恢複制阃的制度以避免任用将領唯憑私人的意志。
他這篇奏疏羅列萬言，先引典故事實，次陳當代的時弊，分别說明其好壞利害，粲然黑白分明。
皇上讀了後很受感動，就在經筵上捧起高聲朗誦。
從此以後，舊的典章制度都逐漸恢複。
衆大臣在奏章裡多數都請求召還魏了翁和真德秀兩人，皇帝也因他們兩人素有民望，因此下令召還他們。
當時用魏了翁暫時代理禮部尚書兼直學士院。
魏了翁入朝奏對，他首先請求明君子和小人的區别，以作為進退人才的根本和杜絕奸邪小人窺伺權柄的道路。
其次論述了過去宰相的十種失誤，認為現今猶存，以及修身、齊家，選擇宗室賢能，建立内廷小學等事，都是切合皇帝本身實際情況的。
他其他的奏議，如宋蒙和議的不可信，金軍必不可保，宋軍的實力和财用不可恃等，一共有十幾項。
他又口頭陳述了當前的利害，一直到晝漏下四十刻才拜退。
他被任命兼同修國史兼侍讀，不久又兼吏部尚書。
他每次在經筵帏幕進講，皇上都和顔悅色地用心聽，并向他詢問一些政事，訪問國内的人才。
他又再一次疏列十件事情以呈獻，都是他勞苦用心挖空腦袋想出來的。
每件事情他都直接陳述，說人家所不敢說。
皇上對他所奏的事，也都嘉許采納，并且親自手寫诏書加以獎勵曉谕。
魏了翁後來又上疏請求收回和保全史彌遠家裡的禦筆；請求讓趙汝愚配享甯宗廟；請求敦促崔與之參預朝政；請求确定田畝稅以寬松民力；請求下诏讓随從的大臣集體讨論以挽救楮币的弊端；請求網羅将才以應國家的緩急。
又因此陳述了過去的幾個成例：如儲備人才，凝聚國論；如努力圖謀自治的辦法；如皇帝下诏罪己