呂祖儉字子約，婺州金華人，是呂祖謙的弟弟，像學生一樣受學于呂祖謙。
監明州倉，将要上任，恰逢呂祖謙去世。
按照吏部四選注授官員差遣的規定半年不上任的為逾限過犯，呂祖儉決心打算服滿為期一年的喪期，朝廷同意了他的請求，诏官員上任逾限以一年為期限，以呂祖儉開始。
呂祖儉守滿一年喪赴铨選，丞相周必大告訴尚書尤袤招用他，呂祖儉已調任衢州法曹而後來前往拜見。
潘時經略廣東，想要征召他為屬官，呂祖儉辭謝。
不久因侍從鄭僑、張杓、羅點、諸葛庭瑞推薦，朝廷召見他授予籍田令。
中丞何澹親生父親的繼室周氏死，何澹打算穿哀悼伯母的喪服，傳送太常禮院百官雜議。
呂祖儉寫信給宰相說：“《禮》曰：‘作為亻及的妻子，是為白的母親。
’現在周氏不是中丞父親的妻子嗎？打算不稱她為母親而稱什麼呢？中丞作為諷谏的禦史台長官，卻以不孝，使百官僚臣如何看待這件事。
”被任命為司農簿，不久以後請求補任外官，通判台州。
甯宗即皇帝位，任命他為太府丞。
當時韓..胄漸漸當權，正言李沐議論右相趙汝愚要求罷免他。
呂祖儉上奏“：趙汝愚也不能沒有過錯，但是沒有到像議論的人所講的那樣的地步。
”韓..胄憤怒地說“：呂寺丞難道要幹預我的事情嗎？”适逢祭酒李祥、博士楊簡都上書為趙汝愚辨冤，李沐都一一彈劾罷免他們。
呂祖儉就用袋封緘上書奏事說“：陛下剛開始政治清明，選拔重用忠良之士，然而未執行多久，朱熹是耆宿儒臣，有所議論，就趕快使他離開朝廷；彭龜年是舊時學者，有所議論，就趕快答應他離開朝廷；至于李祥閱曆多而練達世事、笃敬誠實，沒有偏向，這是衆人所共同信服的，現在又終于被斥責放逐。
我恐怕從此天下有應當說的事情，必将會相視以為告誡，閉口不敢進言的風氣一旦形成而不容易糾正過來，這難道對國家有利嗎？”
呂祖儉又說“：現在的敢于講話的士人，他們所犯難的不是在于得罪君王父親，而在于忤逆權勢。
姑且以我所知道的講一講，難莫難于議論災異，但言而不諱的，是因為其事與權勢之人無關。
如果是皇帝禦筆之降，朝廷不敢難違，禦史台、谏院不敢深加議論，給事中、中書舍人不敢固執己見，原因是因為此事有關貴要寵臣，很擔心乘間激發而受牽連得罪他們。
所以凡是勸導皇帝事從中出的人，大概想借皇帝的聲勢，以逐漸竊取威權而