李惟清字直臣，下邑人。
其父李仲行，任章丘主簿，于是遷家到章丘。
惟清在開寶年間，以三史授任涪陵尉。
四川百姓崇尚巫祀，有病不治療，聽命于巫士，惟清捉來大巫鞭打，百姓認為将會有禍。
後來又鞭打這個大巫，百姓知道巫術不靈。
然後教給百姓醫藥知識，風俗稍稍變遷。
當時朝廷派遣宦官督促輸送造船用的木材，宦官故縱不守法，惟清上奏殺死他，從此知名。
任期滿後，升任大理寺丞。
太平興國三年(978)，升為荊湖北路轉運判官。
太平興國五年，改任左贊善大夫，充任轉運副使，升為正使，就地改任監察禦史，總管南路。
曾經入朝奏事，太宗問他“：荊湖連年豐收，又沒有徭役，民間富裕嗎？”惟清說“：我看見官賣鹽每斤價錢六十四文錢，百姓要賣三數鬥稻谷的價錢，才能買一斤鹽。
”于是诏令鹽價每斤減十錢。
轉任京西轉運使，入朝任度支判官。
改任主客員外郎。
雍熙三年(986)，朝廷發兵大舉進攻幽州，惟清認為軍隊糧食不充足，不可輕動。
朝廷已經興師，他的奏章入宮後未報送皇上，判度支許仲宣建議變通鹽法，以賣鹽每年的課收數攤給鄉村百姓，與戶稅一同交納。
惟清奉诏前往荊湖各地審定此法，上奏說明以鹽配民不方便，于是停止。
出使回朝，皇上又問他民間苦樂不均的情況，惟清說：“以前我在荊湖時，百姓賣清酒由官釀轉賣的，每鬥給耗糧二升，現在三司府隻給一升，百姓多圖其他的好處，而每年稅收大減。
”诏令恢複舊價。
不久出京任京東轉運使。
正好招募壯丁為義軍，惟清說：“如果這樣，天下不再耕種了。
”三次上疏谏阻，因此隻從河北招壯丁，而其餘各地都停招。
提升為屯田郎中、度支副使。
端拱初年(988)，升任右谏議大夫，曆任戶部使，改任度支使。
恰遇朝廷派遣使者到河朔治理方田，大舉發兵。
惟清認為仲春妨