要求密封奏事向皇帝報告自己的想法和意見。
到這時朱熹把自己密封的奏章投至朝廷設置的匦中，裡面寫道：
“現在國家的主要形勢，好比人有重病，内部從心腹開始，外面達到手腳四肢，沒有一根汗毛一根頭發不生病的。
暫且以天下的根本和當今的急務，試為陛下陳說：國家的根本，就是陛下的心；當務之急就是輔育培養太子，選拔任用大臣，整頓政綱嚴肅法紀，改變士風民俗，愛惜培養民力，整饬清明軍政事務，這六事而已。
“古代聖明帝王兢兢業業，為了保持和守正這種心，所以設立師保之官，排列有谏诤之職，凡是帝王的飲食、酒漿、衣服、宮室、器用、金玉絲帛以及宦官、宮妾等政事，沒有一件不統領于宰相，使帝王的前後左右，一動一靜，沒有不受到有關機構法規的制約，因而沒有細微空間、瞬息時間，能夠隐瞞他們的毫發私情。
陛下所以精粹純一克己複禮而堅守此心，果真能有如此的功效嗎？陛下所以修養身心整治内宮而使自己的左右中正，果真能有如此的效果嗎？宮廷禁地的事情，我固然不得而知，然而賞賜爵位之濫，錢财賄賂之流，街頭巷尾都在竊竊議論，這種紛亂的議論我早已受不住了，那麼陛下在整治内宮方面，恐怕還沒能比得上古代的聖明帝王。
“至于陛下左右近習嬖幸之人的私情，恩寵待遇已過分不當，過去龍大淵、曾觌、張說、王扌卞這類人權勢氣焰熏灼，一時能危害震撼朝廷，現在已經沒有什麼可說的了。
獨有我前天對陛下陳述的意見，雖然經過陛下委婉開導勸說，然而我的愚見是，隻能讓這些人擔任守衛宮門傳遞命令、供事打掃等勞役，不應當讓他們假借陛下的威望，使他們得逞奸邪谄媚，制作過度奇巧之物于内廷之中，以此來動搖陛下的心志，招攬權勢于外朝，以損害陛下的聖政。
我在道路、民間聽說，自從王扌卞被驅逐之後，各位将領的派遣任命，仍大多出于此人之手。
陛下竭澤窮盡百姓的民脂民膏來供養軍隊，軍隊卻不曾得到一頓溫飽，這都是将帥巧立名目，奪取士兵口糧，肆行賄賂陛下親近之人，以圖提拔重用的結果。
能出入皇宮的心腹大臣，外面結交将帥，共同欺騙蒙蔽陛下，以緻到了這種地步。
而陛下不能醒悟，反而寵信親近這些奸邪小人，認為這是為我所用的家臣，緻使宰相不能議論他們設置措施的得失，給谏官員不能評論他們任命官吏的是非，那麼陛下在端正左右大臣方面，沒有能夠趕上古代的聖明帝王又是明顯的了。
“至于輔佐幫助太子，從王十朋、陳良翰之後，太子屬官的選拔号稱得到合适人選，然而能夠稱職的人，已經很少了。
而又時時讓那些奸邪谄谀、輕佻薄幸、卑賤庸妄之徒，得以摻雜在裡面，所謂的講讀，也隻是用文章應付充數，而沒有聽說他們有規勸谏戒的功效。
至于早晚和陛下随時在一起，陪伴侍奉陛下遊玩宴樂的人，又不過是使臣、宦官幾個人而已。
太子的師傅、賓客已不再設置，而太子詹事、太子庶子這些官職也是有名無實，于是朝廷的左右春坊就讓使臣執掌，既沒有啟發太子崇尚師長親近賓友、尊敬德行喜好大義的用心，又沒有防止太子輕侮怠慢親昵放蕩、奇異邪惡夾雜而進的危害。
應該讨論以前的典章制度，設置太子師傅、賓客的官職，廢除春坊使臣，而使太子詹事、太子庶子各自恢複行使職責。
“至于選拔任用大臣，以陛下的聰明睿智，怎會不知道天下的事件，必須得到剛正光明公正之人而後才可任用呢？之所以經常得不到這樣的人才，反而收容庸俗鄙陋的人竊居這些職位，這隻因一念之間，未能看透他們出自私邪的蒙蔽，然而陛下宴樂時所喜好的人物，陛下親近寵愛的近習之流，不能全部依據法令制度辦事，如果任用剛正光明公正的人做輔佐皇帝的宰相，就恐怕他會妨礙自己的私事，損害自己的人，而不能任意放縱。
所以在選用人才之時，常常先排斥擯棄剛正光明公正的人，而後選取拖沓無能懦弱軟熟、平時不敢坦率直言态度端莊的人而加以揣摩，又在這些人中間選擇最庸懦最卑陋、定可确保他不至于有所妨礙自己的人，然後薦舉他們而加以高位。
所以任命官員的诏令還沒頒布，而人員已經事先物色确定，這些官員的姓名還沒有顯露，而朝廷内外已經預知這些人決不是天下第一流的人才了。
“至于整頓嚴肅政綱法紀，改變士風民俗，那麼今天宮廷與中書省署之間，禁廷密苑之地，怎麼會有天下不公正的道理，不正派的人物反而能夠以此作為窟穴而盤踞其中呢？因而陛下看到和聽到的，無非是些不公不正的事情，那麼在這些事情的熏蒸熔化之下，使得陛下好善之心不能顯著，痛恨罪惡之心不能深刻，這種危害已到了不能用語言表達的程度了。
等到這些不公不正之人作奸犯法之時，陛下又不能深深割去自己的私愛，而把他們交給朝廷讨論，按照有關法律處理，因此綱紀法度不正在上，士風民俗就頹廢弊壞于下，他們為害的時間已很久了。
而且浙中地區特别嚴重。
大都習慣做出柔媚的姿态，說着附合順從人的話，以不分是非，不辨曲直為最得計，更過分的人把黃金珠寶當作佐酒的肉脯食品，把地契債券作為詩歌文章，宰相可以引誘就引誘宰相，近習親信可以私通就私通近習親信，隻求得到私利，再也沒有廉恥。
一旦有剛強堅毅正直不阿、恪守正道遵循天理的人在他們中間出現，就群起譏諷合夥排斥，指責為“道學”，而加上強辭奪理、感情沖動肆意妄說的罪名。
十幾年來，用這兩個字禁锢天下的賢人君子，又好像過去所謂的元..學術一樣，排斥擯棄诋毀侮辱，一定要使正人君子沒有容身之地才算罷休，這難道是大治之世的事情嗎？
“至于愛惜培養民力，整饬清明軍政事務，從虞允文擔任宰相以來，把戶部每年收入款項中必定可以指望得到的部分全部取走，号稱是年終賦稅盈餘的數目，運入内庫。
而把收入中有名無實的、多年積累拖欠的、空登錄在賬冊上的、無法催讨管理的款項，撥還給戶部，作為内庫财産的積累，将它作為今後用兵進取中原時的随時需要使用的款項。
然而從那時以來的二十多年間，内庫每年收入不知有多少，而且認為是皇帝的私人貯存，主管者也是私人，宰相不能用計入賦稅來均衡節制這些款項的收支，戶部不能用賬冊來勾定考查這些款項是在還是不在，天天銷月月耗，用來支付宴請私親費用，真不知道有多少啊，而何曾聽說能用這筆錢财來換取敵人的首級，如同太祖說的那樣。
空使戶部費用缺乏一天比一天嚴重，朝廷的督促一天比一天嚴峻，以至于廢掉祖宗以來州縣催征财賦達到九成以上就不再催理，戶部也置之不問的好辦法，而以征收賦稅一定要足足十成作為限度；朝廷認為賦稅征收不足，就又建立監司，州縣官員以征收賦稅多少為考課等差的辦法，用來引誘威脅他們。
于是形成朝廷内外奉承這種風氣。
競相使用苛刻急迫的辦法征收賦稅，這是百姓的财力之所以嚴重困乏的實際原因。
“将領們追求提拔，必然先在士兵身上聚斂錢物，用來增殖自己的财富，然後用這些錢物去結交陛下身邊的親近侍臣，而且祈求他們把自己的姓名告訴陛下身邊的地位尊貴的将領。
這些地位尊貴的将領們拿到他們的名單，就把這些名單交給軍隊，使他們從基層什伍開始逐級得到保舉，稱贊這些人的才能武藝能夠勝任将帥，然後寫成奏章在陛下面前誇獎這些人。
陛下隻見到逐級推舉在前，文書檔案齊備，就真的認為是大家一緻舉薦而得到了合适的人選，然而哪裡知道這些人是議價交錢，已經如同晚唐的債帥了呢？将帥，是掌握三軍命運的人，而選拔将帥的方法背離常道到如此地步，那麼那些具有智謀勇敢才藝膽略的人，誰肯抑制内心低頭而立于宦官、宮姬的門下，而陛下得到以為可任将帥的人，都是平庸之輩和僅供奔走的小卒，但陛下還希望他們整饬清明軍政、激勵勸勉士兵，以增加國勢，豈不是謬誤嗎？
“這六件事，都不可以緩慢處理，而根本仍在于陛下之心，陛下之心光明正大那麼這六件事沒有不正的，陛下心中一有私欲介入，那麼雖想疲勞精力來求得端正這六件事，也将成為沒有實際内容的一紙空文，而天下的事情就會越來越不好治理了。
”
朱熹這道奏疏送入宮中，夜間計時的滴漏銅壺已下七刻了，孝宗皇帝已經上床睡覺，立刻起身拿着蠟燭，把奏章全部讀完。
第二天，任命朱熹主管太一宮，兼任崇政殿說書。
朱熹極力推辭，被任命為秘閣修撰，管理一個外地的宮觀。
光宗即皇帝位，朱熹再次推辭秘閣修撰的職務，仍舊為直寶文閣，皇帝下诏誇獎他。
過了幾個月後，任命他為江東轉運副使，朱熹以生病為由辭謝，改任為漳州知州。
他奏請朝廷免除了漳州屬縣的無名雜稅七百萬貫，減少經制錢、總制錢四百萬貫。
因當地的風俗習慣不合乎禮儀，他擇取古代喪葬嫁娶的禮儀之文，張貼出來告示大家，派當地