章惇，字子厚，建州浦城人，父親章俞時遷到蘇州。
章俞官至職方郎中，辭官，因章惇的顯貴，曆官銀青光祿大夫，八十九歲時去世。
章惇豪爽俊秀，博學善文。
考中進士後，以名字在他侄子章衡之下為恥，辭去了皇上任命官職的诏敕。
再次考中甲科後，調為商洛令。
章惇和蘇轼同遊南山，到仙遊潭，潭下是萬丈絕壁，有木頭橫在上面，章惇請蘇轼在絕壁上寫字，蘇轼害怕不敢寫。
章惇穩步走過橫木，把大繩子拴在樹上，他提起衣服，順着繩子下去，用漆墨軟筆在石壁上寫下“蘇轼、章惇來”幾個大字。
回來後，神色不變，蘇轼撫着他的背說“：你他日必能殺人。
”章惇問“：為什麼？”蘇轼說“：能自己判決生命的，就能殺人。
”章惇大笑。
章惇被召用為館職，遭王陶彈劾被罷去。
熙甯初年，王安石掌權，喜歡章惇的才能，用他為編修三司條例官，加官為集賢校理、中書檢正。
當時宋正經制南、北江蠻族，任命他為湖南、北察訪使。
提點刑獄趙鼎說，峽州群蠻苦于他們酋長的刻剝，謀求歸附，辰州平民張翹也說南、北江群蠻歸順朝廷，宋廷就把這事交給章惇。
章惇召募被流放的人李資、張惇等去招撫群蠻，李資、張惇奸淫蠻族婦女，被他們的酋長殺死，于是宋發兵攻讨，因此兩江騷動。
神宗懷疑章惇違背命令，王安石告誡章惇不要輕舉妄動，章惇竟用三路兵平定懿、洽、鼎三州。
因蠻人占據潭州的梅山，章惇就乘勢南下。
轉運副使蔡烨說這件事不能馬上成功，神宗也同意，把這事專門委托給蔡烨，王安石支持章惇，雙方争論不止。
不久蔡烨得到蠻人的地盤，王安石恨蔡烨阻撓章惇，就給他薄賞，提升章惇修起居注，從此宋在南方久不能撤軍。
宋廷召回章惇，提升他為知制诰、直學士院、判軍器監。
三司着火，神宗在禦樓觀看，章惇部署役兵趕去救火，經過樓下，神宗問後知道是章惇，第二天就任命他為三司使。
呂惠卿被罷，鄧绾論奏章惇與他一樣有惡，章惇被貶出朝任湖州知