以下經文同與一卷本。
至奧有七如來。
來至此世界文時。
七如來以一音聲。
即說咒曰（雲雲）次執金剛菩薩說神咒。
又有執金剛咒。
其後七佛世尊各還本土。
已上六佛本願略抄之。
至第七佛者。
如本願經。
不能具引（文）。
消災除難軌雲。
歸命滿月界。
淨妙琉璃界。
法藥救人天。
因中十二願。
慈悲弘誓願。
願度諸含生。
我今申贊揚。
志心頭面禮。
中堂十二藥師供文雲。
三世常住。
大日如來。
六名釋迦妙法教主。
憶念弘誓。
像法轉時。
以大方便。
稱号藥師。
琉璃光佛（雲雲）。
南嶽法門傳下雲。
釋智璪。
清渧人。
俗姓張氏。
晉永嘉遷居臨海。
祖先秀梁倉部侍郎臨海内處文文環。
陳中嶽将軍。
璪自小言行無怙。
親鄰奇之。
年十七父母俱亡。
璪因累年說疾。
醫藥無效。
因靜夜策杖。
至庭中向月而卧。
專心念月光菩薩。
願慈悲救護。
如此數夜而無散亂。
忽于夢中見一人形色甚異。
從東方來。
謂璪曰。
我今故來為治汝病。
便以口遍璪身吸。
翔目而漸差（雲雲）。
義淨三藏傳雲。
帝（睿宗真皇帝）以昔居房部幽居無歸。
祈念藥師遂蒙降禮。
駕慈澤重闡供獻。
因命法徒更令翻譯于大内佛光殿。
譯成二卷（帝禦法莚手自筆受雲雲）。
續高僧傳三十雲。
釋真觀。
字聖達。
吳郡錢唐人。
俗姓?氏。
祖匠蒸給事薰内侍郎文先通真散騎常侍。
母桓氏。
溫良有德。
嘗悱憤無胤。
潔齋立誓。
誦藥師觀世音金剛般若。
願求智子。
○依藥師經七日行法。
至于三夕覺遊光照身。
因餘心性非恒。
言辄訟達。
豈非乘天托人寄?弘釋者也。
及其誕育。
奇相不倫。
左掌仙文右掌人字。
○從幼至終未嘗病谒。
○雖老不衰（雲雲）。
秘教類聚（吉備大臣撰）雲。
餘年三十有六之時。
稍煩身病○即餘參藥師寺。
敬禮藥師丈六瑞像。
而申雲。
依命身病老母悉苦。
伏願欲痊。
○至七日夜。
夢見自天降下短籍一枚（長一尺許廣二寸許）。
即餘持取其籍而見者。
記雲。
七八八八九年。
實是雖知餘命之遺數。
而猶惑七八八八九。
爾時空上教雲。
四十年哉。
○今餘至七十有六（雲雲）。
已上感應緣。
其說繁多可見三卷疏等。
一卷數。
禦修法所。
奉讀。
本願藥師經（ㄙ）卷。
奉念。
大日〃〃〃。
藥師〃〃〃。
護衛本尊〃〃〃。
三部〃〃〃。
諸天〃〃〃。
增益〃〃〃。
奉供。
大壇供〃〃〃。
護摩供〃〃〃。
神供〃〃〃。
右依仰旨始自今月十七日至于今日并九個日夜之間七口僧綱大法師等相共勸修上件教法。
抑所修禦願如法如說造彼如來形像七軀。
書寫經典四十九卷。
四十九燈盡夜恒明。
每日放生都二萬三十。
複續命神幡四十九尺。
五色神幡四十九首。
以五色縷。
結願神咒鼓樂歌贊。
恭敬供養。
而殊緻精誠奉祈。
大施主禦惱消除之由如件。
仍勤行事謹言。
治曆三年五月二十六日權律師。
禦修法所（謹奏二字公家禦祈用之。
臣下不然）。
奉讀。
本願藥師經（ㄙ）卷（假令七ケ日番僧ㄙ。
不斷經卷數載之）。
奉念。
大日如來真言二千一百遍（七ケ日三時各百反定）。
一字金輪真言佛眼部母真言。
藥師如來真言（阿阇梨每時千反。
伴僧同。
但伴僧咒反随本尊咒大小可定之。
如不動藥師等每時千反。
如尊勝千手每時百反。
如一時金輪文殊等。
各萬反）。
護衛本尊真言。
（ㄙ）護摩真言。
三部諸尊真言火天曜宿真言。
奉供。
大壇供二十一個度（私雲。
師雲。
近代七日修法大壇供書七ケ度未知其故。
古人書二十一ケ度可依之）。
護摩供二十一個度。
十二天供一七個度。
藥叉供一七個度。
聖天供一七個度。
諸神供三個度。
右謹依。
宣旨（若綸言或綸旨。
以上公家用之。
太上皇院旨。
皇後等令旨。
臣下仰旨）。
仍錄行事謹奏（公家用之。
院皇後臣下謹言）。
裡書雲。
義釋雲。
凡真言遍數應以字計之。
如蘇悉地。
若極大者誦至百遍。
次者五百遍。
小者千遍（雲雲）。
私雲。
加持瓶等時。
或三部心。
或部部。
或辨事真言。
随其真言等大小可用遍數。
如此雲也。
餘時可準知耳。
藥師千燈法。
藥師千燈儀式（傳教大師禦撰。
私雲。
出陀羅尼集經第二）。
藥師琉璃光佛印咒第二十五。
以左右手頭指以下八指。
反叉入于掌中。
右押左。
兩腕相去五寸許。
以二大指來去咒曰。
唵（一）呼嚧〃〃（二）戰馱（去音）利（三）摩橙祇（四）莎诃（五）。
是法印咒。
若有餘。
多諸罪障。
及諸婦女難月産厄。
願欲轉禍求福。
并患鬼神病難差者。