萬的馬赫迪、瑟菲和比拉，這些人物在猶太浪人或艾米娜或族長的故事裡曾有過亮相。
多線并存的人物就像是将一個個故事串在一起的小橋，見到散布全書各處的這些小橋，我們就能明白，我們面對的不僅僅是一系列故事和一個個孤立的小天地，所有人物的命運其實都包含在同一片宇宙之中。
另一個保證全文統一性的元素，是同樣的旋律或主題在不同的故事中重複出現，于是，繼範·沃登之後，帕切科、秘法師、利百加、貝拉斯克斯，最後還有多洛莉塔，他們分别體驗了在魔咒般的絞刑架下醒來的經曆。
絞刑架的主題使全書在開篇就出現了賦格曲[11]的特征，而三角戀愛的主題可視為另一支賦格曲（範·沃登、帕切科、利百加、秘法師、貝拉斯克斯，最後還有阿瓦多羅），其中甚至還出現過四角戀愛（布拉斯·埃瓦斯與桑塔雷斯夫人及她的兩個女兒）。
每當書中人物講述自己的故事時，年輕人初涉塵世總是個非常自然的主題，它成了調節全書節奏的一種變奏方式，人物進入暮年後對自己一生略帶酸楚的回顧（貝拉斯克斯的父親、疊戈·埃瓦斯、托雷斯·羅韋拉斯、阿瓦多羅），也會産生同樣的變奏效果。
所有這些故事，所有這些人物的命運，它們互相映照，讓讀者仿佛置身于鏡子遊戲之中。
大部分主角的故事裡都會出現父親這個角色，這些父親幾乎個個都是性格古怪之人，而孩子們都會非常看重父子之間的關系，不論在什麼情況下，對父親始終懷有深深的尊重。
此外，我們還能看到，在全書範圍内，社會等級受到普遍尊重，家族淵源也得到普遍關注。
我們可以再舉幾個重複出現的旋律或主題：地下空間、修道院、宗教人士、決鬥、神秘事件（以及對它們的理性解釋）。
波托茨基喜歡營造神秘化的氣氛，喜歡追求假面舞會式的效果，這種偏好是否出自他對戲劇的熱愛（他曾組織表演過自己創作的輕歌劇《安達盧西亞的吉普賽人》和六場滑稽演出[12]）？但不管如何，《薩拉戈薩手稿》呈現出的是一個真相與謊言緊密交織而難于分割的世界。
有一個主題明顯具有獨一無二的重要性，那就是“榮耀”，因為（在不同宗教或哲學見解的伴随下——這一點我們後文會再細談）它奠定了書中各個人物的價值體系和存在意義。
瓦隆衛隊的上尉、盜匪佐托、大商人蘇亞雷斯、盡管身為乞丐但依然氣質高貴的阿瓦多羅，他們每個人都有自己的榮耀操守，也都有自己特定的道德标準。
不過，波托茨基以令人歎服的方式讓我們清晰感受到，這各有千秋的榮耀操守雖能激蕩書中的小世界，但都有局限、荒謬的一面。
《薩拉戈薩手稿》是從《堂吉诃德》《格列佛遊記》到《沒有個性的人》這一系列偉大諷刺小說中的一員。
不過，為了避免過于尖銳，波托茨基的諷刺還伴有一種非常明顯的幽默感，他以極為優雅的手法實現了這微妙的平衡：既與自己的人物保持非常明确的無限距離，又像在他們身邊一樣，把他們視為親人；對他們的局限性及弱點洞如觀火，但又會體貼他們、關心他們，甚至為他們動情。
對高傲的阿維拉女公爵是這樣，對年輕而糊塗的洛佩·蘇亞雷斯還是這樣……甚至對布斯克羅斯、弗拉絲克塔也同樣如此。
每個個體都有自身的局限性，恰恰是因為這一點，才需要各種各樣的故事、各種各樣的風格，以及互為補充的視角，讓世界呈現出它的完整性。
風流放蕩的托萊多、勇敢守信的範·沃登、詭計多端的布斯克羅斯、有騎士風度的盜匪佐托、全才作家埃瓦斯、既是幾何學家又是哲學家的貝拉斯克斯、新貴羅韋拉斯、弗拉絲克塔、帕杜利侯爵夫人、阿瓦多羅、貝拉斯克斯、範·沃登等人的父親、洛佩·蘇亞雷斯、阿維拉女公爵、有着顆浪漫之心的佩尼亞·貝雷斯、托雷斯·羅韋拉斯、特拉斯卡拉，戈梅萊斯家族的族長：每一個人物都令人難以忘懷。
這不是挂着一幅幅人物畫像的畫廊，而是一個世界。
《薩拉戈薩手稿》是一首波瀾壯闊的複調樂曲，在這首樂曲的演繹中，每位主角都在自己的聲部内放出獨立的聲音，同時又通過主旋律與和聲，跟其他人、跟整體緊密地聯系在一起。
用音樂術語來說，這就是一首大型賦格曲。
與開篇絞刑架、三角戀愛等一連串強勁樂章相比，結尾的緊湊連奏同樣令人印象深刻：
——秘密揭曉，範·沃登得到獎勵。
礦脈耗盡，地下空間被炸毀（作者原本還構思過一個類似于儒勒·凡爾納某幾部小說的火山爆發結局）；戈梅萊斯家族的計劃灰飛煙滅。
——族長對此前六十六天裡發生的大事進行了總結，“烏澤達家族史”則回顧了小說中提到的所有重要曆史事件，正是在這些曆史事件的作用下，虛構與“現實”天衣無縫地融合在一起。
——所有主角，不論是穆斯林（族長、艾