呂祉字安老，建州建陽人。
宣和初年，以上舍生得到官職。
建炎二年(1128)，任右正言，因為上章論事忤逆當朝執政，出任明州通判。
紹興元年(1131)，湖南、湖北地區盜賊蜂起，呂祉任荊湖提刑，來到之後，招降捕獲有方，一年後盜賊平定。
進任直秘閣，不久召他到行在。
淮南宣撫使韓世忠準備出師，奏請讓呂祉議軍事，朝廷任命呂祉直徽猷閣，充任參議官，呂祉推辭沒有到任。
紹興三年(1133)，升任直龍圖閣、知建康府。
呂祉到任後，與通判府事吳若、安撫司準備差遣陳充共同商議，著作《東南防守利便》三卷上報朝廷，大概是說：“立國于東南地區，應當聯絡淮甸、荊、蜀成一體，現在臨安地處偏僻的海邊，應移居長江一帶，然後才能夠維系南北離散的民心。
”
紹興四年(1134)冬，金軍進攻淮河地區，江左地區戒嚴，隻有韓世忠率領精兵駐屯在高郵。
金軍攻陷漣水之後，攻破山陽、盱眙，于是進犯承州。
呂祉上奏說“：應派兵作為韓世忠的後援。
”後來援兵沒到，韓世忠退保鎮江。
呂祉再次上奏“：把江北地區置之度外，不是朝廷任命宣撫兩淮地區的本意，并且恐怕失去中原民心。
隻有緊急派遣諸将，并且請皇上親率六軍，才能使上下齊心協力，可以不戰而勝。
”于是高宗下诏親征。
高宗到達平江，金朝退兵。
紹興五年(1135)，任命呂祉為中書門下省檢正諸房文字，不久任兵部侍郎兼戶部侍郎、給事中。
紹興六年(1136)，改任刑部侍郎、都督府參議軍事，不久改任吏部侍郎。
劉豫兵分數路入侵，當時高宗停駐平江，有人請求高宗回臨安，并下令守衛長江防備海上。
呂祉獨自抗争說“：士氣應當振作，敵人鋒芒可以挫敗，不能急忙後退示弱。
”劉麟率十萬大軍，已進至濠、壽州。
劉光世在合肥，想移居太平州，軍隊已經行動，于是命令呂祉奔馳到軍前，督促劉光世回到合肥。
紹興七年(1137)，遷升兵部尚書、督