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”司馬植聽後，發奮學習，毫不懈怠，終于取得了成績。
紹聖初年(1094)，章..任宰相。
章..曾經事從邵雍，故任相後，打算起用邵伯溫，然邵伯溫不願趨炎附勢。
按慣例，邵伯溫當赴吏部聽候铨選，程頤對邵伯溫說“：我擔心你此次的吏部之行。
”邵伯溫說“：有什麼擔心呢？難道不打算見先公于地下嗎？”于是，邵伯溫先到了吏部聽候差遣，然後才去見章..。
章..與邵伯溫談起邵雍的象數學時感歎道：“唉，我沒有深究先天之學，實在有愧于先生。
”邵伯溫說：“我父親的先天之學，論天地萬物事理，可謂無所不包，無所不盡，如能信奉他的學說，就不會計較人世間的仇怨反複。
”邵伯溫之所以這樣說，是因為章..大興黨獄，力排元..黨人，報複仇怨。
邵伯溫想以此來勸誡章..。
章..聽後，有惶惶然之感。
但章..還是将邵伯溫舉薦給朝廷，而邵伯溫不願在朝廷做官，而願在郡縣做事。
章..為此極不高興。
邵伯溫遂得監永興軍鑄鐵監。
此時，元..黨人大多南遷，且許多人都不敢去拜訪他們。
但邵伯溫不怕，他在鹹平拜見了範祖禹，在颍昌拜訪了範純仁。
後來，西夏挑起戰端，欲收複西夏故地，宋廷許諾凡參加對西夏作戰的将領可連升數級，邵伯溫本當參加，但他将機會讓給了同事。
邵伯溫任監永興軍鑄鐵監期滿後，章..依然在朝廷任宰相，為了避免與章..共事，邵伯溫執意不去京師做官，而選外任為環慶路帥府幕僚。
徽宗即位後，就日食現象尋求解釋。
邵伯溫上書達數千言，大意是要皇帝恢複祖宗制度，澄清對宣仁太後的誣謗，解除元..黨锢，分辨君子與小人，力戒勞民傷财，興兵動武等，言語十分懇切。
關于對宣仁太後的诽謗，邵伯溫在上書中進行了辯解，又專門為此著有《辯誣》一書，此書寫了崇甯、大觀年間(1102～1110)，除為宣仁太後辯誣外，還為邵伯溫自己正了名。
不久，邵伯溫出監華州的西嶽廟，之後，又先後任知陝州靈寶縣和黃城縣。
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