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英宗治平年間，父死，悲痛傷身，在墓旁搭棚守墓，逢年過節時以潔淨食物莊嚴地祭奠，不舉行佛教禮儀。
神宗即位時，吳奎剛守滿孝，官複原職。
一月後，升任參知政事。
當時神宗已經召見王安石，王不來，神宗對左右大臣說“：王安石是先帝的大臣，先帝請不動，我很以為他不恭順。
現在又請不來，是真的病了嗎？還是有什麼條件呢？”曾公亮說“：王安石是個學者，不會玩弄權術的。
”吳奎卻說：“我曾與王安石共事，此人有錯不認，剛愎自用，其主張也很迂闊。
萬一受重用，必然紊亂朝綱。
”于是命王安石任江甯知府。
吳奎曾對神宗說：“陛下對天誠敬，天意無他，隻是合人心罷了。
若以至誠待萬物，萬物無不回報以至誠，則上下祥和的氣氛自然形成。
現在民力凋敝，國庫空虛，必須先安民，才能談其他。
帝王的職責，就在于判斷正邪，使君子常常居于關鍵職位，小人無法傷害，天下自然就大治了。
”神宗反駁說：“以堯的聖明，朝廷也有四兇。
”吳奎說：“四兇雖然在，但不能妨害堯的聖明。
聖人以天下為己任，小人沒有顯著的劣行時，就應該包容，不能以潛在的可能性處罰人。
隻不過不能把他們放在重要崗位上。
”神宗認為有道理。
禦史中丞王陶，因為韓琦不去文德殿押班而彈劾韓琦跋扈，吳奎揭發王陶的險惡用心。
皇上下令改任王陶為翰林學士，吳奎仍堅決反對，王陶又反告吳奎阿附韓琦。
王陶被調出京城，吳奎也以資政殿大學士任青州知州。
司馬光勸皇帝說“：吳奎名聲好，德高望重，現在因為王陶而貶谪吳奎，恐怕大臣們會感到不安而辭官。
皇上剛即位，這樣做會不利于您的形象的。
”神宗乃召回吳奎去中書任職。
韓琦罷相後，吳奎出任青州知州，一年後逝世，享年五十八歲。
追認兵部尚書，谥号文肅。
吳奎喜好獎掖廉潔善良之人，知無不言，皇上不聽他的他就不罷休。
出身貧寒，當官後，買田修“義莊”，救濟鄉鄰親友。
死時家無餘财，兒子們甚至無房子可住，為時人稱道。