阙裡先師廟發生火災，派使者慰問祭祀。
八月，免河南、南畿遭災夏稅。
九月二十五日，普安女賊米魯制造叛亂。
二十七日，重新建成清甯宮。
本年，占城、烏斯藏、土魯番、爪哇、撒馬兒罕入朝進貢。
弘治十三年(1500)正月初十日，在京城南郊大祭天地。
二月四日，免山西受災稅糧。
六日，制定問刑條例。
十一日，嚴格薦舉連坐之法。
四月，火篩侵犯大同，遊擊将軍王杲潰敗于威遠衛。
二十二日，平江伯陳銳為靖虜将軍，兼任總兵官，太監金輔監督軍隊，戶部左侍郎許進提督軍務，抗擊火篩。
五月初一日，有日食。
三日，召大學士劉健、李東陽、謝遷于平台，讨論京營将領一事。
十日，火篩大舉入侵大同左衛，遊擊将軍張俊擊退火篩。
六月二日，免江西受災秋糧。
停止山、陝采辦物料。
十八日，召陳銳、金輔回京，保國公朱晖、太監扶安前往代替陳銳、金輔，增兵抗擊火篩。
七月十七日，京師地震。
八月九日，赈救江西水災。
十月二十七日，兩京地震。
當月，小王子諸部侵犯大同。
十二月二十一日，火篩侵掠大同，向南侵掠一百多裡。
當年，小王子占據河套，侵犯延綏神木堡。
琉球、土魯番、烏斯藏入朝進貢。
弘治十四年(1501)正月初一日，陝西發生大地震。
十日，大祭天地于京城南郊。
二月二十日，罷免陝西織造中官。
四月三日，工部侍郎李钅遂總督延綏邊境糧饷。
十一日，保國公朱晖、提督軍務都禦史史琳、監軍太監苗逵分道進兵延綏。
二十一日，免陝西、山西物料。
本月，火篩諸部侵掠固原。
五月三日，赈濟大同遭兵禍軍民，免除稅糧。
十四日，免陝西受災稅糧。
二十一日，修複阙裡先師廟。
命各布政使司寫呈上地裡圖。
七月一日，泰甯衛賊侵犯遼東，搶劫長勝諸屯堡。
十七日，南京戶部尚書王轼兼左副都禦史提督軍務，征讨貴州女賊米魯。
二十一日，朱晖、史琳在河套襲擊小王子。
二十四日，分遣給事中、禦史清理屯田。
閏七月九日，都指揮王泰在鹽池抗擊小王子，戰死。
二十二日，赈兩畿、江西、山東、河南水災。
八月四日，免河南遭災稅糧。
本月，火篩諸部侵犯固原，大肆搶劫韋州、環縣、萌城、靈州。
二十四日，減少光祿寺供應，按弘治元年規定。
火篩諸部侵犯甯夏東路。
九月初一日，有日食。
十二日，派使者到甯夏、延綏、甘、涼等地募兵。
二十九日，召史琳回京，起用秦..為戶部尚書兼副都禦史，代替史琳。
十一月十九日，分遣侍郎何鑒、大理寺丞吳一貫赈恤兩畿、山東、河南饑民。
十二月二十四日，遼東大饑荒，赈濟。
這月，火篩逃出河套。
當年，免湖廣、江西、山西、山東、陝西、河南、畿内受災稅糧。
安南、琉球入朝進貢。
弘治十五年(1502)正月初三日，朱晖率師回京。
十三日，大祭天地于京城南郊。
二月十日，免河南受災稅糧。
三月十一日，罷免饒州督造瓷器中官。
十八日，賜康海等進士及第、出身各有差别。
四月初一日，赈濟京師貧民。
五月二十九日，免湖廣受災秋糧。
七月九日，錄用劉基後代世襲指揮使。
十九日，王轼破斬米魯，貴州賊被平定。
二十一日，命各邊衛設養濟院、漏澤園。
八月十一日，因南京、鳳陽久雨大風，長江水滿成災，遣使臣祭告先祖，命兩京群臣修身反省。
九月初一日，有日食。
十九日，放走并減少内府所喂養的鳥獸。
十月四日，停明年上元節燈火。
十一月三日，瓊州黎賊作亂。
二十五日，停止廣東采集珠寶。
十二月十一日，《大明會典》修成。
十三日，因病不上朝辦公。
這月，免南畿受災秋糧。
這年，琉球、安南入朝進貢。
弘治十六年(1503)