玉率軍十五萬出兵征讨，大軍出大甯，進至慶州，探知元主在捕魚兒海，藍玉便抄近路星夜兼程趕到百眼井，此地離捕魚兒海四十裡，仍不見敵兵，藍玉想引兵返回。
定遠侯王弼說“：我們率軍十多萬人，深入漠北，毫無所獲，就這樣班師回朝的話，我們怎麼去向皇上複命呢？”藍玉說“：對呀。
”便下令軍隊穴地而居，不見煙火，乘夜趕到捕魚兒海南邊。
當時敵營還在海東北八十餘裡處，藍玉命王弼為前鋒，率騎兵迅速逼近敵營。
敵人以為明軍缺乏水草，不能深入，故未加防備，加上大風揚起沙塵，白天都看不見什麼。
所以，明軍的行動，敵軍毫無察覺。
王弼率軍突然沖至敵營前，元軍大驚，倉促迎戰，大敗，太尉蠻子等被殺，其部衆皆降，僅元主與太子天保奴等數十騎逃走。
藍玉派精銳騎兵追擊，但未追上，僅俘獲其次子地保奴、妃嫔、公主以下百餘人，後又追獲吳王朵兒隻、代王達裡麻及平章以下官屬三千人、男女七萬七千餘人，以及寶玺、符敕、金銀印信等物品，馬、駝、牛、羊十五萬餘頭，并焚毀其甲仗蓄積無數。
捷報奏傳至京，皇帝大喜，賜诏獎勵慰勞，将藍玉比作衛青、李靖。
藍玉又攻占哈剌章營，獲人、畜六萬。
班師回朝，晉升為涼國公。
第二年，藍玉受命督修四川城池。
二十三年(1390)，施南、忠建二宣撫司南蠻反叛，藍玉奉命前往讨平。
接着又平定都勻安撫司散毛諸洞，被加祿五百石，奉诏還鄉。
二十四年，朝廷再命藍玉統領蘭州、莊浪等七衛兵，追讨逃寇祁者孫，于是攻取西番罕東之地，當地首領哈昝等逃遁。
時逢建昌指揮使月魯帖木兒反叛，藍玉又奉命率軍征讨，當藍玉率軍趕到時，都指揮瞿能等已大破其衆，月魯逃往柏興州。
藍玉乃派百戶毛海誘捕月魯父子，送往京城處死，又盡降其衆。
因此請求增設屯衛，太祖下诏許可。
藍玉複請征當地百姓為兵，讨