卓敬，字惟恭，瑞安人。他穎悟過人，讀書一目十行。洪武二十一年(1388)考中進士。被任命為戶科給事中，為人耿直，不避權勢。當時制度還不完備，諸王的服飾、車馬模仿太子。卓敬乘機說道“：京城為天下效仿。陛下對諸王如不趁早分辨等級、威嚴，而使他們的服飾與太子相同，從而嫡庶混亂，尊卑無序，何以令天下？”皇上說：“你說得對，朕還沒有考慮到此。”因而更加器重他。他日與同僚觐見，恰好八十一人，太祖命他們改稱元士。随即以六科為政事本源，又改稱源士。不久，重又稱給事中。卓敬曆任戶部侍郎。
建文初年，卓敬秘密上疏說：“燕王智謀絕倫，并有雄才大略，酷似高皇帝。北平地勢優越，兵精馬壯，金、元即由此興起。現在應當将他改封南昌，萬一有變，也容易控制。事情即将萌發而未行動，那是由于時機未到，而考慮可以行動的時間則要依據形勢。形勢還未成熟時便不能做出決斷，而時機還未明朗便不能給予明察。”上奏到達朝廷，第二天皇上召問卓敬。卓敬叩首道“：微臣所言乃天下至計，願陛下明察。”但是此事最終就此而止。
燕王即位，卓敬被捕，明成祖指責他曾建議改封一事，離間骨肉之情。卓敬厲聲說道：“可惜先帝沒有采納我的建議。”皇上十分生氣，但仍憐惜其才，下令将他下獄，派人以管仲、魏征之事相勸。卓敬流着淚說：“身為人臣，隻有以死相報。先皇帝曾無過失，忽然被橫行篡奪，我恨不得立即死去，到地下去見先皇，你還想讓我為你效力嗎？”皇上還是不忍殺他。姚廣孝以前與卓敬有隔閡，便進勸皇上“：卓敬之言如果真的被采用，皇上難道還會有今日嗎？”皇上這才處死卓敬，并滅其三族。
卓敬言行慷慨，風流倜傥，善于談論，凡天官、輿地、律曆、兵刑諸家無不廣泛研究。成祖曾歎道“：國家培養人才三十年，唯得一卓敬。”萬曆年初，朝廷采納禦史屠叔方的建議，為卓敬修墓建祠。