見到奏疏後大怒說“：這小儒敢說朕沒讀過《大學》嗎？他這樣來鄙薄我，不可不誅。
”學士陳循叩頭說道“：俗士處在遠方，不知道聖上無書不讀罷了。
”皇上怒意稍解。
把陳祚投進監獄，并将他的家人十餘口也逮捕了，分别隔離關押了五年，他的父親竟死于獄中。
那時，刑部主事郭循谏阻拓寬西内的皇城來修建離宮，被逮入宮當面責問。
郭循抗辯不屈，也被投進監獄。
英宗即位後，陳祚和郭循都得釋放複官。
陳祚再次巡按湖廣。
他因為上奏遼王朱貴..有隐罪，與巡撫侍郎吳政被逮到京，投進監獄。
不久被赦免出來。
當時王振專權，執法專務嚴峻，陳祚上書說“：近來法律部門斷案，多違背固有的法律。
如侍郎吳玺錯誤舉薦主事吳車兀，應判推薦非人之罪，而現在卻依奏事有規避的律條判了斬刑。
吳車兀自殺後，獄官獄卒之罪應遞減，卻援引不應為重罪的條文，一概杖打他們。
一事如此，其他的可以推想了。
如今天時不順，災異頻繁發生，未必不與此有關。
”皇上很贊同他的意見，将他的奏章出示給司法官員。
不久他改調南京，升為福建按察司佥事。
他任官威嚴但也仁愛，對不載入祀典的神祠都全部撤除。
後來，他因病歸家。
去世。
陳祚生性威嚴，即使對子弟也很少跟他們言笑，唯獨敬重鄉人邢量。
邢量是博學之士，以占蔔隐居，幾間破屋，有時幾天不生火。
陳祚經常挾着書去向他請教，往往到晚上才回來。