忤逆了時政，宜加以表彰和提拔。
皇上于是立即釋放章綸。
皇上命内侍宦官尋找章綸先前的奏疏，但找不到。
内侍從旁背誦了幾句，皇上歎息再三，升章綸為禮部右侍郎。
章綸既因具備大節被皇上所重，但性格仍很剛直，不能随俗。
石亨貴幸之後，召公卿去飲酒，章綸推辭不去，又多次與尚書楊善論事意見不合，石亨、楊善便一同貶低章綸。
章綸于是被調到南京禮部，又在那裡改調到吏部。
憲宗即位後，有關官員根據遺诏請求皇上舉行大婚。
章綸說“：先帝山陵尚新，年号還沒改，先帝逝世百日即改行吉禮，心中能自安嗎？陛下登基之初，應當以孝治天下。
三綱五常實根源于此，請待來春之後再舉行。
”他的建議雖然不被采納，但天下都很敬重他的話。
成化元年(1465)，兩淮鬧饑荒，他上奏救荒四條建議，都被批準了。
四年(1468)秋，他的兒子玄應冒名考中會試。
給事中朱清、禦史楊智等人因此彈劾章綸，皇上命侍郎葉盛調查。
第二年，章綸與佥都禦史高明考察百官，兩人意見不合。
奏疏呈上後，章綸又獨自上奏說給事中王讓不參加考察，并且說高明剛愎自用，自己的意見多不見贊同，請求将他與高明一同罷免。
他的奏章都下到葉盛等人手中。
于是王讓以及參加考察的諸臣連着上書彈劾章綸。
章綸也多次上疏請求罷免。
皇上不聽。
後來葉盛等人查出玄應确實是冒名。
皇上寬宥了章綸，而他所奏的其他事情，也都不問。
不久，他又轉調禮部。
溫州知府範奎被彈劾調官，章綸說：“溫州是臣的故鄉，範奎大得民心。
他解官之日，士民三萬人哭泣攀着車轅，留了十八天才得離去。
請求讓他回任，以安慰民望。
”奏章下到有關部門，竟被反對。
章綸性戆直，好直言，不為當權者所喜歡。
他任侍郎二十年，不得升遷，以年老請求離去。
後來他去世。
過了幾年，他的妻子張氏呈上他的奏稿，并請加恩。
皇上嘉獎歎息，贈他為南京禮部尚書，谥恭毅，授予他的一個兒子為鴻胪寺典簿。