馮祯，綏德衛人。他出身行伍，累功升至本衛指揮佥事。弘治末年，馮祯被提升為代理都指揮佥事，守備偏頭關。随即充任參将，分守甯夏西路，以勇敢聞名。蜫钅番謀反後，馮祯迅速上奏報告朝廷。事情平息後，他進升為代理都指揮同知。不久，又被提升為副總兵，協守延綏。
正德六年(1511)七月，盜賊騷擾中原，皇上下诏命馮祯率所部一千五百人前去征讨。到達阜城時，遭遇盜賊。馮祯命軍中士兵不要顧念首級、貪圖俘獲，于是大敗賊軍。追擊數十裡俘斬八百六十餘人。然後進兵解除曹州之圍，俘獲賊首朱諒。馮祯被記功，進升為都督佥事。
第二年春，劉惠、趙钅遂擾亂河南，連陷鹿邑、上蔡、西平、遂平、舞陽、葉，縱掠南頓、新蔡、商水、襄城，又回駐西平。馮祯偕同副總兵時源，參将神周、金輔擊敗之。賊寇逃奔入城，官軍堵塞城門。乘夜裡燒死一千餘人，斬首也一樣多，餘賊往西潰逃。巡撫鄧璋等在汝甯朝見崇王，連日設宴飲酒。賊寇招集散兵，勢頭複振，攻陷鄢陵、荥陽、汜水、鞏。河南府被圍三日之後，諸軍才開始聚集。賊寇駐紮在洛南，探知官軍又餓又累，便出來迎戰。右哨金輔不敢渡過洛河，馮祯及時源、神周正在布陣，而後哨參将姚信所部京軍已經先行，失利而逃。戰陣已亂，賊寇乘機進攻。馮祯下馬殊死作戰，援絕而死。皇上追贈他為洛南伯，賜予祭葬，并授其子馮大金為都督佥事。後來賊寇被平定，論功時，皇上又授其一子為世襲百戶。第二年的這一天，馮祯死的地方風霾大作，又過一年，也是如此。伊王将此事上奏，皇上诏令官府為馮祯建祠，每年在他死的那天祭祀。随即又采納給事中李铎的建議，每年以二石米、二匹帛，供給其家。