外具寫條款。
商辂說：“這是舊制，我不敢改。
”石亨這幫人不高興了，便暗示言官彈劾商辂朋比為奸，将他投入獄中。
商辂上書訴說《複儲疏》在禮部，可以複查，但皇上不加理會。
宦官興安稍微進行調解，皇上更加憤怒。
興安說：“先前這幫人提議南遷，不知道當時他們把陛下置于何地？”皇上怒意漸消，于是将商辂斥退為民。
但皇上常常獨自在念叨着“商辂是朕親自選取的人才，他曾與姚夔一起侍候東宮太子”，總不忍就這樣将他棄而不用。
但因為有人忌妒，皇上一直沒有将他複用。
成化三年(1467)二月，将商辂召到北京，命他以原官入閣。
商辂上書推辭，皇上說“：先帝已經知道你是冤枉的，請不要推辭。
”商辂首先提出勤奮學習、采納谏言、防衛邊疆、裁省冗官、設立社倉、崇敬先聖名号、廣泛培養人才八項建議。
皇上都高興地采納了。
他在建議納谏時，請求重新起用成化元年以後因提建議而被斥退的人。
于是羅倫、孔公恂等人都得以複官。
第二年，有彗星出現。
給事中董..、禦史胡深等彈劾不稱職的大臣，其中包括了商辂。
禦史林誠毀謗商辂曾參與更換太子，不宜任用。
皇上不聽。
商辂因此而請求罷職。
皇上大怒，命當廷審問那些言官，想給他們加以重罰。
商辂說：“臣曾請求優容提意見的人，現在他們評論我反而受責罰，怎麼向公論交待呢？”皇上轉怒為喜，将董..等人杖打後複職。
不久商辂升任兵部尚書。
其後，改任戶部尚書。
十三年(1477)升謹身殿大學士。
商辂為人平易，穩重寬厚能容人，但到面臨大事，做出重大決定時，他決心堅定，不容動搖。
仁壽太後的莊戶與百姓争田，皇上想将這些百姓遷到塞外。
商辂說“：天子以天下為家，還要什麼皇莊？”這事遂罷了。
乾清宮門失火，工部請從四川、湖廣采進木材維修。
商辂說先稍緩一陣子，留着以警誡後人。
皇上聽從了。
悼恭太子去世，皇上很為後嗣問題擔憂。
紀妃生有皇子，已經六歲了，左右的人怕萬貴妃，都不敢說。
過了很久，才有人