二年，兩廣盜賊又起，佥事陶魯說：“兩廣地勢交錯，應當像手臂與手指一齊使用，不能分開。
最近賊侵犯廣西，我與廣東三司商議調兵，一個月還沒結果，盜賊毫無畏懼之心。
請求仍然任命大臣總督為好。
”正好佥事林錦、巡按禦使龔晟也同樣的向上請求，于是撤去兩巡撫，而又起用韓雍為右都禦史，同以往一樣總督兩廣軍務。
又過了一年的正月，韓雍上疏要求辭去所新任官職，懇求服滿三年之喪。
憲宗沒批準。
韓雍到任，派遣參将張壽、遊擊馮升等分路讨伐賊，摧毀忻州八砦蠻以及搶劫州縣諸山的瑤人、僮人。
少數民族百姓向來害怕韓雍威力，寇盜逐漸平息。
成化九年(1473)，柳州、氵尋州各少數民族又發動叛亂，參将楊廣等俘獲、斬首共九百人，正準備繼續進擊，而賊攻破懷集縣，兵部彈劾韓雍向朝廷奏報不實。
廣西鎮守宦官黃沁向來恨韓雍壓抑自己，借機攻擊韓雍，并且說韓貪欲縱酒，濫加獎賞，胡亂開支花費，憲宗派給事中張謙等去調查，而廣西布政使何宜、副使張學攴懷恨韓雍一貫輕視自己，兩人在一起醞釀韓雍的罪狀。
張謙返朝向憲宗上奏，半為捏造半為事實地報告了韓雍的情況，憲宗竟然命韓雍退職回家。
韓雍通達開朗，重信義。
巡撫江西時，請求給文天祥、謝枋得追加谥号，皇帝下诏追加文天祥谥号為忠烈，謝枋得谥号為文節。
韓雍有雄才大略，善于決斷，常常能抓住時機。
作戰時，他常冒箭林石雨，眼睛都不眨一下，因為講究尊嚴，三司都長跪言事。
軍門設置銅鼓幾十個，禮節詳密。
副将以下犯事，繩綁裝入囚籠毫不寬容。
廣東廣西鎮守宦官向來驕傲放縱，面對韓雍也屏聲靜氣不敢放肆。
韓雍痛恨罪惡，心胸開闊而不高傲，揮霍财物從不可惜。
因此雖然令行禁止，百姓安居，然而對他的毀謗、非議也容易産生。
他被宦官所毀傷，公衆的輿論都為他抱不平。
兩廣的人懷念韓雍的功績，尤其痛惜他的離去，建立祠堂紀念他。
韓雍回家後，家住五年去世。
享年五十一歲。
正德年間，追封谥号襄毅。