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“以陛下的聰明蓋世，豈有不知道對宦官不能夠委任信用，然而難免誤用，大概是沒有講習端正本心的學問。
本心發源于天理，就耳聰目明，言行合乎法度，怎會被宦官所迷惑？萬事發源于人欲，那麼自身即無主張，萬事失去綱常，宦官就趁勢尋找到時機，蒙蔽陛下。
陛下雖然有神明而威武的天份，也将日..月削漸漸地失去本來的聖明，而想任用君子，罷免小人，振興天下之利，革除天下的弊病，豈能實現？”皇帝看完疏，點頭表示贊賞。
過了不久，萬安、尹直相繼被罷免。
而劉吉仍居舊職，他對鄒智恨之入骨。
湯鼐經常在朝廷值班，鄒智告訴湯鼐說“：先世興盛，禦史值班，得當面向皇帝陳述朝政的得失情況，皇帝即刻決定是采用或是禁止。
到後來隻有等到退朝後用疏來陳述，這樣君臣之間不能相互交流，你有幸遇到朝廷革新的時候，何不效仿先朝事例行事。
”等到王恕接诏到了京城，鄒智前去拜見王恕說：“後世做臣子的沒有機會見到天子，因此處理政事大都馬虎草率，希望您暫且不接受官職，先請求朝見皇帝，将時政治理不善的一些情況一一向皇帝陳述，極力要求革除，然後再接受官職，這樣就可能于政事有所益。
如果先接受官職，就再沒有見天子的日子了。
”湯鼐與王恕也未能采用他的建議。
時逢審理劉概的案子，劉吉指使同黨魏璋把鄒智名字牽涉進去，鄒智被捕關進诏獄，頸、手、足上都套上刑具，僅能呼吸，鄒智在接受審問時，慷慨地回答：“我見禦前講席在寒暑間停止講習，午朝以皮毛小事敷衍塞責，朝政綱紀毀壞，風俗輕浮，人民生活困苦，邊境防備空虛，我暗自為此擔憂，與湯鼐等來往時議論這些情況是有的，其他什麼就不知道了。
”議罪的官員承奉劉吉的意圖，最終将鄒智貶到廣東石城所任吏目。
鄒智到了廣東，總督秦..用檄文召他撰寫有關著作，這才住在省會城市。
他聽說陳獻章在新會講學，前去拜師學習，由此學問更加精深。
弘治四年(1491)十月得病突然去世，年僅二十六歲。
同科生員吳廷舉任順德知縣，為鄒智備置棺材，送回家鄉安葬。
天啟初年，追贈忠介谥号。