都給擒拿了。
孝宗發布诏書就讓林俊取代邦問，林俊援引朱熹代唐仲友、包拯代宋祁的往事竭力推辭。
孝宗不答應他的推辭。
于是林俊改定政綱，使各種政務從此煥然一新。
王府征收歲祿，大都向百姓多增收一倍，因為林俊說了話才大大削減了數額。
甯王宸濠貪婪、橫暴，林俊卻屢次抑制他。
甯王請把王府改為琉璃瓦，約費銀兩萬兩。
林俊說應該保持原樣，不要犯上像叔段請求京邊肥地、吳王所得幾杖的賞賜那樣的不吉利。
甯王惱了，一心想找他的茬子，卻沒抓到他什麼把柄。
後來碰到皇上生日，林俊卻巡查自己的部屬，就上書彈劾他，林俊因此被扣發了三個月的俸祿。
不久他母親去世，他就歸鄉守喪去了。
武宗繼位後，言官紛紛薦舉林俊，江西人在朝中做官的也聯名上書請讓林俊恢複原職。
于是武宗提升他為右副都禦史，再次讓他去巡撫江西，但碰上他父親去世，他在家守喪，沒能上任。
正德四年(1509)，武宗起用他巡撫四川。
眉州人劉烈發起叛亂，失敗後逃走了，一幫不得志的人們假托他的名字四出剽掠。
林俊張榜繪像緝捕，沒能抓到。
恰好這時保甯的反賊藍廷瑞、鄢本恕、廖惠等跟着鬧起來，氣勢更加猖狂，從保甯轉攻巴州。
林俊在華壟突然撞上了他們，就乘坐一頂轎子獨自到他們營前，給他們講解利害關系，反賊聽後就圍着他下拜，願意約定時間投降。
後因為大雨連綿誤了約定日期，他們就又叛走，打下了通江。
林俊在龍灘河打敗了他們，又派遣知府張敏等人追擊，在門鎮子打敗他們，捉住了廖惠。
藍廷瑞逃奔到陝西西鄉，越過漢中三十六盤，到達大巴山。
官軍追上去，又把他打得大敗。
然後林俊移兵攻擊泸州反賊曹甫，同時派人前往招安。
曹甫佯裝着聽他們的命令，卻讓他的弟弟曹..一如既往地搶劫。
指揮李蔭斬下了曹..的人頭，反賊就轉移到江津，分兵七營，打算攻打重慶。
林俊征調酉陽、播州的士兵增援李蔭，在五年元旦那天發起圍攻，打下了敵人四個兵營，活着的賊人逃入百姓家裡，官軍把他們全給燒死了。
然後官軍乘勝攻打反賊的老營，指揮汪洋等中埋伏死掉了。
李蔭繼續進兵，在離賊營十五裡的地方，曹甫帶着幾十個騎兵出來，碰上李蔭的部隊，就敗逃回去。
官軍乘勝進兵圍困敵營，俘虜及燒死的盜賊有兩千多人。
後來，本恕、廷瑞被永順的土著百姓彭世麟捉住。
林俊論功升任右都禦史。
曹甫的餘黨方四逃到思南後又攻占南川、綦江，窺視泸州。
林俊又多調了一些士兵，派副使何珊、