備副使，責令他們平息當地盜賊，又傳令順天、保定的兩個巡撫，嚴守要害地段防止外敵侵入，征集遼東、延綏兵馬到武宗行宮附近地區，用以保護皇上。
朝廷内外仗着這些才不擔驚受怕。
孝豐的盜賊湯麻九起來造反，有關部門請派軍隊過去收捕。
王瓊請密令勘糧都禦史許廷光出其不意地擒拿他們，結果成功了，盜賊沒一個漏網。
各地奏上捷報後，大多歸功于王瓊的謀劃，他因此幾次受到賞賜、封蔭，逐漸做到了少師兼太子太師，兒子也被封為世襲錦衣千戶。
等到修建乾清宮完畢，又蔭封他兩個兒子為錦衣千戶，他受到的寵愛在幾個尚書中首屈一指。
十四年(1519)，甯王宸濠造反作亂。
王瓊請武宗命令南和伯方壽祥率領操江部隊防守南京，南贛巡撫王守仁、湖廣巡撫秦金各自率領自己的部隊開往南昌，應天巡撫李充嗣鎮守京口，淮揚巡撫叢蘭扼守儀真。
他的奏章遞上後，武宗心裡想要親征，君臣争議了三天還決定不了。
大學士楊廷和催促皇上早作決定，武宗最後還是下诏親征，讓王瓊與廷和等人在北京坐鎮。
在此之前，王瓊任用王守仁巡撫南、贛，放權讓他見機行事，提督軍務。
等宸濠造起反來，地方上報朝廷知道後，滿朝大臣心裡惴惴不安。
王瓊說“：大家不用擔心，我任用王伯安到贛州去，正是為了現在這件事，反賊馬上就會拿下的。
”沒過多少天，事情果然像他所說的那樣。
王瓊很有才能，并善于結交權貴。
他恭敬地侍奉錢甯、江彬等人，由此得到施展才幹的機會，他遞上去給皇上的建議、請求一經提出就能得到批準，他能在兵部多次立功，也是借了江彬等人的力量。
陸完倒台後，他取代陸完做了吏部尚書。
王瓊忌妒彭澤平定流賊，名望超過了自己，就勾結錢甯，用重罪中傷彭澤。
又把雲南巡撫範镛、甘肅巡撫李昆、副使陳九疇誣陷下獄，一時間朝廷内外官員大多害怕王瓊。
而大學士廷和也因為王瓊所行賞罰大多得到武宗發自内宮的批複诏書，不經過内閣，所以無能為力。
第二年，世宗繼了位，谏官前後不停地揭發王瓊，他被關進了都察院的監