南京給事中丘九仞彈劾王瓊，世宗卻加以安慰、挽留。
等張璁、桂萼被罷免後，那些彈劾張璁、桂萼等人的大臣都出面攻擊王瓊，世宗于是命令他退休。
不久又把先前的诏書擱下來，派人對王瓊表示慰問。
正好番人前來臨洮大肆擄掠，王瓊征調兵力讨伐若籠、闆爾各部，焚燒了他們的巢穴，斬殺了三百六十人，收附了七十多個部族。
評定戰功，被加升為太子太保。
王瓊在邊疆上，戰備都整頓得很好。
賊寇曾經打到山西，占了便宜，過了一年又來邊境上搶劫，假裝着要向東打，王瓊命令在西邊做好戰鬥準備。
賊寇果然鑽了進來，官兵沉重地打擊了它。
各處番人被掃蕩、平息後，西部邊陲更加太平了。
甘肅軍民一向受吐魯番人侵犯、欺淩，現在惟恐王瓊離開，就一塊請求當地守臣向朝廷上書，留下王瓊别走。
于是巡撫唐澤、巡按胡明善都上書叙述他的功勞，請聽從甘肅軍民的請求。
世宗為此頒發诏書，獎勵了王瓊一番。
當初，世宗厭惡楊廷和，懷疑朝中大臣都是他的同黨，所以接連任用桂萼、方獻夫主管吏部。
等獻夫離任後，世宗不想任用另外的人，所以久久不增補這個缺額。
到十年(1531)冬季，才派行人拿着敕書前往召王瓊回朝。
當吏部尚書、南京禦史馬易攵等十個人上書痛罵王瓊是先帝一朝遺留的大奸臣時，世宗大為惱怒，把馬易攵等人全都關進了诏獄中，并且對王瓊表示安慰。
不過不久，馬易攵等也都官複原職了。
花馬池傳來戰報，兵部尚書王憲請派出部隊。
王瓊說花馬池戰備嚴整，敵人打不進去，大部隊去了，敵人先撤了兵，隻能空自耗費中國的人力、财力而已。
王憲最終還是派出六千人，走到彰德，敵人果然逃走了。
第二年秋天，王瓊死在任上。
被追贈為太師，谥恭襄。
同一年，彭澤已在王瓊之前死掉了。
在正德、嘉靖年間，彭澤、王瓊都有才幹，有膽略，他們不停地相互中傷，仕途中你進我退，幾番更疊。
其中王瓊陰險、忌妒，輿論尤其不贊成他。
但是他在兵部時立了很多功，外放提督陝西三邊軍務時，人們也曾把他比作楊一清呢。