說方略，請求選将增兵，規定賞罰的标準，嚴辦隐匿罪犯的罪行，修建烽火台，經常派人巡邏，以振興官兵的軍威，疏通四川的道路。
朝廷下诏準予實行。
他又上書彈劾并罷免了副總兵張傑、宦官趙欽。
上任才兩個月，朝廷召他回京任吏部右侍郎。
還沒到任，因為父親去世回鄉去了。
服喪完後在家閑住，朝廷裡正在議論“大禮”，持不同意見者很多人被問了罪。
世甯心裡肯定張璁等，寫奏章請求及早确定追崇獻王的“大禮”。
奏章還沒遞出，其中的話傳布到京城去了。
以後有人建議把顯陵遷到天壽山去，世甯極力說不行，于是連同以前撰寫的奏章一同遞了上去。
世宗讀後深為贊歎。
沒過多久，他聽說朝中大臣們赴宮門前哭争，有人被用棍子打死了，就飛章上書說：“我過去把仁、明、武三字之理進呈給陛下，然而三字之中尤其是以仁為根本。
仁，是生養萬物的德性；明，應像日月照臨人間。
這二者都是不可一日或缺的。
武，就像雷霆的威力，隻可以偶爾震響一下而已。
現在朝中大臣對抗聖旨，陛下赫然示威，用棍棒捶打他們，身體衰弱的就被打死了。
消息遍傳天下，寫在史書中，說陛下您的殿前有鞭打的刑法，推行應用在士大夫身上，這不是您光大德行的辦法。
新任大臣一句話偶然說中，難保以後事事得當。
老成的大臣一句話偶然違忤，以後未必都不對。
希望陛下存此仁、明、武三無私的信念，像日月一樣在高處照臨天下，不要先存可否的成見在心！”世宗雖然不肯聽從，總算沒有當作違忤。
不久被召入朝，做了兵部左侍郎。
把他戍邊時所看到的山川形勢、軍民利害列為二十五條意見遞交世宗。
又請求世宗好好保養自己的身體，不要輕易吃任何藥物。
又獻上自己撰寫的《大學》、《秦誓》章句、《洪範》“惟辟威福”解義和《系辭？節初爻》講義，請一并保存在皇宮中，勿傳。
給事中餘經于是上書批評他開了告密的壞頭。
世甯請求罷官，沒得到允許。
“大禮”确定以後，又官升一級。
他又上書對用人問題陳述了二十條意見。
工匠趙奎等五十四個人因為宦官的請托都被封了官職。
世甯上書說封賞過于随意了，世宗不聽。
他屢次上書稱病。
于是被改派到南京吏部，馬上又改為工部尚書。
後來，他又被召入京城做左都禦史，加太子太保銜，他辭謝這個品