自己的蔭子之賞賜，來贖二将之罪，被禦史所參劾，皇帝下敕誡谕他。
後來田世威又作将，對待馬芳很刻薄，馬芳不與他計較，有識之士以此贊賞馬芳。
馬芳有兩個兒子，馬棟、馬林。
馬棟官到都督，沒有什麼突出事迹。
馬林，由父蔭累官大同參将。
萬曆二十年(1592)，順義王扌奢力克絷拘獻史、車二部長，馬林因制敵有功，晉為副總兵。
二十七年馬林升為署都督佥事，任遼東總兵官。
馬林素來好文學，能詩，工書，交遊的人多是名士，當時名聲很大，他自視也很高。
他曾經上陳邊關事務十策，語詞之中對文官多有抵觸，被擱置而不能實行。
稅使高淮驕橫恣肆，馬林極力與他抗争。
高淮參劾上奏馬林，馬林被奪職。
給事中侯先春上書論救馬林，改判馬林守戍煙瘴，侯先春也被降官二級。
過了很久，馬林遇赦免。
遼東用兵，诏令馬林以原官的身份從征。
楊鎬兵分四路而出，令馬林帶領一軍從開原出三岔口，而以遊擊窦水澄監北關軍與馬林并進。
馬林軍到尚間崖結營疏通溝壕，嚴防哨所敵台自衛。
等到聽說杜松軍被打敗，才移換軍營，但是大清的兵已經逼近。
馬林于是還兵，别立營，挖戰壕三周，在戰壕外面布列火器，再在火器外面布置騎兵，其他的士卒都下馬，在戰壕内結成方陣。
另有一軍在飛芬山紮營。
杜松軍覆沒之後，大清兵乘其銳氣逼近馬林軍。
見馬林的軍隊在壕内和壕外已經結合成方陣，于是大清軍縱精銳騎兵直往前沖擊它。
馬林軍不能支持，于是大敗。
副将麻岩戰死，馬林隻帶數騎逃脫。
死的人遍滿山谷，血流到尚間崖下，水被血染紅了。
大清于是調兵攻擊飛芬山。
佥事潘宗顔等一軍也全軍覆沒。
北關的兵聽說後，于是不敢前進。
馬林喪失軍隊後，被谪貶充任軍官，讓他鎮守開原。
當時蒙古宰賽、暖兔許諾援助馬林兵，馬林和他結成盟約，依靠這而沒有設立防備。
這一年六月，大清兵突然來到城下。
馬林列衆在城外，分出少部分兵登城上的矮牆。
大清兵設..梯進攻，而另用精銳騎兵擊破馬林軍營的東門外設防。
馬林軍的兵士争門入城，大清兵于是乘勢奪門，攻城的大清兵也越牆入城。
馬林軍城外的兵士望見後全都逃奔。
大清兵據城攔截攻擊，馬林軍的這部分兵士被戰壕阻隔不能渡過，全部被殲滅。
馬林和副将于化龍、參将高貞、遊擊于守志、守備何懋官等人，都戰死了。
不久贈給馬林都督同知，進世蔭二級。
馬林雖然更曆邊鎮，但是沒有經遇強敵，無大将才。
當事以