馮琦，字用韫，臨朐人。
幼時聰敏絕倫。
十九歲，考取萬曆五年(1577)的進士，改任庶吉士，授職編修。
參與修成《會典》，晉升為侍講，充任日講官，任過庶子。
一并加封三王的議論興起，他投書王錫爵與他極力争辯。
晉升為少詹事，負責翰林院的事務。
調任禮部右侍郎，改任吏部職。
處理政務勤奮敏捷，極力抑制鑽營投機的人，尚書李戴很器重他。
萬曆二十七年(1599)九月，太白星、太陰星同時在午時出現；又值狄道發生山崩，平地隆起大小五座山丘。
馮琦草拟奏章，與尚書李戴一起勸谏：
“近來目睹太陰星經過天宇，太白星白天出現，已非常奇異。
至于山陷成谷，地隆為山，自從開天辟地，隻有唐垂拱中有過此事，而現在卻又見到了。
暗自思慮上天的無私，隻聽百姓的。
想禀承天意，應當順應民心。
如天下的賦稅數額，比二十年前，增加四成。
但百姓中富足的，卻減少五成。
東征西讨，人們苦于兵事。
“自從派出了礦稅使，則民間的苦痛更甚。
加上水旱蝗災，流民充塞道路，京城地區盜賊公然出現，這不是小小的變故。
各位宦官使者領命出京師，随從奸詐之徒，動辄成百上千。
陛下想通商，他們卻專門困禁商業。
陛下想愛護百姓，他們卻專門殘害百姓。
近日有兩種奇怪的奸詐事：其一，工于窺察陛下的心思，撰成奏章，假借武弁之手呈上；其二，緻力盤剝平民，先有謀略，假借宦官之手施行。
如鬼怪般運用機巧，锱铢之财也盡皆奪取。
遠近人一樣歎息，貧富者均陷困境。
貧窮者家中沒有儲蓄，隻有靠小本經營。
但仍然奪取他們幾錢的小利，斷絕他們一天的生資。
至于富人，更加蒙受毒害。
或者誣陷他們漏稅、偷礦，或者誣陷他們販鹽、盜木。
布下詭計，聲勢赫然吓人。
等到奪取了錢财，就靜寂得無事一般。
小百姓吃盡苦卻不敢聲張，無地容身。
好處被群奸得到