激發起大亂不會終止。
希望陛下嚴肅思慮将來，緊急與朝廷大臣共同修漏補缺，不要讓海内的赤子聚結怨忿于盛朝，千秋青史留下對聖德的譏諷。
”神宗沒有答複。
不久，他轉任左侍郎，受任禮部尚書。
神宗将要冊立東宮太子，诏令時間緊迫，執掌監司的宦官以供給經費不足為借口。
馮琦道：“今天禮儀為重，不可與他們争辯。
”他的弟弟戶部主事馮瑗剛好運送四萬兩饷銀出京城，馮琦立即将他追回，提供經費，事情才得以辦成。
萬曆三十年(1602)，神宗患病，下令停止征收礦稅，不久又後悔了。
馮琦與同僚們聯合上奏争辯，并且懇請皇帝親自到郊廟祭祀，上殿受理朝拜，皇帝不接納。
湖廣稅監陳奉因為虐待百姓被撤回，陝西的黃河幹涸，馮琦谏言遼東的高淮、山東的陳增、廣東的李鳳、陝西的梁永、雲南的楊榮，肆虐的程度不低于陳奉，請求将他們一起撤回，神宗都沒有答複。
南京守備宦官邢隆請求另外給關防征稅，馮琦不同意，就把禦前牙關防稅給了他。
當時士大夫多信奉佛教，士人寫作往往吸取佛教之意，而鄙棄經書的傳注。
前任尚書餘繼登奏請約束、禁止，然而習俗風尚如故。
馮琦又極力陳述它的弊端，皇帝下诏戒止。
馮琦熟習典故，學習有根底。
多次陳述正直的言論，朝廷内外都希望看到他的風采，皇帝也很眷戀、倚重他。
内閣缺人，神宗已經選用了朱國祚和馮琦。
但是沈一貫秘密上書，稱他們兩人的年紀不大，不妨稍過一段時間再說，先任用年長者。
于是改任沈鯉、朱赓。
馮琦一向有病，因此更加沉重。
十六次奏疏請求退休，皇帝不同意。
死于任上，年僅四十六歲。
遺下奏疏請求皇帝嚴肅明理之作，發下奏疏，補充空缺的官職，對下面的臣民表示誠意，收攏人心。
語言很懇切誠摯。
神宗對他悼念、惋惜。
追贈太子少保。
天啟初年，谥号文敏。