，近選大臣龐尚鵬、鄒應龍、淩儒經營籌辦，權力雖然加重，不過派往河東的人兼管四川，派往江北的人兼管山東、河南，派往江南的人兼管浙江、湖廣、雲南、貴州，重視内地而輕視關塞地區，這不是本來的旨意。
而且一個人管轄幾個地區，轄區曠遠難以照顧周全。
請讓在内地的大臣專門負責巡撫的事情，命令龐尚鵬等三人分别負責關塞地區的屯田事宜，管理的時間久了就成了一種職責，功績也緊随而至，則利事興起，而邊防儲備可以自給。
現在全國的府庫空虛，百姓困苦，而提出建議的人卻想傾盡全國的庫藏輸往内府，用以接濟旦夕之用，倘若州郡發生變亂，拿什麼來應付？郡守縣令以養育百姓為職責，首要的就是勸民務農植桑、理清徭役賦稅、重視鄉規民約、嚴格保甲制度，減少獄案，對催科巧拙不予理睬。
”奏疏呈入，大都經讨論後實行。
當年冬天他又上奏說：“天下值得憂慮的事情在于百姓貧窮，能替百姓排除憂慮的人是知府。
應該慎重挑選他們，治政業績卓越的人就升任京卿或巡撫，那麼人就會自我激勵。
督學是關系到全國人倫理教育的人，應當挑選學問、德行俱佳的人，不對他做時間限制。
德行和聲望都高峻的人，就招來擔任祭酒或者進入翰林院，以便顯示風範。
”奏章下發給部裡讨論，最後沒有施行。
隆慶三年(1569)，他升任太仆少卿。
起初，徐階、高拱互相攻擊，魏時亮與朝廷大臣對高拱進行攻擊，使他離去。
不久，高拱再次入閣，考核言官，排斥異己；魏時亮和陳瓒、張木賈已經升任京卿，他們都遭貶職。
魏時亮被指責辦事不嚴謹，被免去官職。
萬曆十二年(1584)，因為丘木舜、餘懋學等人的推薦，他出任南京大理寺丞。
升任右副都禦史，負責京營的戍衛任務，他陳述了安良攘奸的十四件重要的事情。
不久又請求根據水利、義氣、生養、賦役、清獄、清除盜賊、善導民俗等七件事考察郡守、縣令，年終報告給部院和各科計算為官的時間，依照修行與曠廢的情況确定最後的名次。
還請求皇長子出宮接受文化教育。
他曆任刑部左、右侍郎，南京刑部尚書。
過了一年死于任上。
魏時亮起初喜歡交遊，很有志向。
曾經彈劾并罷免了左都禦史張永明，被當時的輿論非議。
魏時亮也很後悔。
中年，他遭受挫折和壓抑，潛心研究心性理學。
天啟年間，谥号莊靖。