刑審訊幾位被捕的人。
達觀被拷打緻死，沈令譽也幾乎死去，都不承認。
法司逼迫胡化誣告郭正域和歸德公。
歸德是沈鯉所住的縣名。
胡化大聲呼喊：“阮明卿是我的仇人，所以告發他。
郭正域考取進士後二十年沒有通音信，怎麼一起撰寫妖書？我也不知道誰是歸德。
”神宗知道胡化冤枉，釋放了他。
都督陳汝忠審訊毛尚文，又派兵在楊村包圍了郭正域的船，将老婦、婢女和書童等十五名男女全部逮捕，與..生光一起拷問，最終沒有收獲。
陳汝忠拿錦衣告身引誘毛尚文說：“能夠告發亂賊，就能得到它。
”讓他誣告沈令譽，并且由奶媽龔氏十歲的女兒作證明。
等到會審，東廠太監陳矩追問女孩說：“你看到幾種妖書的版本？”回答：“滿屋。
”陳矩笑着說：“妖書隻有兩三張紙，版本怎麼有滿屋呢？”責問毛尚文說：“沈令譽告訴你哪天刊印妖書？”毛尚文回答：“十一月十六日。
”兵部尚書王世揚說道：“妖書在初十查獲，而十六号又刊印，有兩本妖書嗎？”拷問..生光的妻妾和十歲的兒子，用針刺穿手指，必求誣告郭正域，都沒成功。
..生光仰視錢夢臯、康丕揚，大罵道：“死就死吧，為什麼教唆我迎合你們的心願，胡亂誣告郭侍郎呢？”都禦史溫純等人極力維護，事情才漸漸化解，然而仍然不能結案。
光宗在東宮，多次對身邊的侍從說：“為什麼想殺我的好講官呢？”衆人聽到此話都很驚懼。
詹事唐文獻與同僚楊道賓等人到沈一貫處争辯，李廷機也極力要求落實，案獄更加緩解。
刑部尚書蕭大亨準備文告，仍想治郭正域的罪。
郎中王述古将稿紙扔到地上，蕭大亨才作罷。
于是判處..生光死刑，釋放了諸位受牽連的人，郭正域獲得幸免。
當獄案危急的時候，巡邏兵圍困了沈鯉的住處和郭正域的乘船，鈴聲和打更的梆子聲通宵達旦。
又傳說郭正域已被逮捕，迫使他自殺。
郭正域回答：“大臣有罪，應當在都市受處決，怎麼能自己抛屍荒野。
”不久，幸而無事，才回鄉。
回鄉三年，巡按禦史史學遷上奏楚王所揭發的事情的調查報告，無罪。
給事中顧士琦趁機請求召回郭正域，皇帝沒有答複。
郭正域知識廣博，勇于承擔重任，有經邦濟世的大略，嚴于律己，所以人們敬重他。
被當權的宰相扼制，不能再受任用，在家居住十年後去世。
四年後，被贈封為禮部尚書。
光宗的遺诏，加恩澤于舊學，贈封他為太子少保，谥号文毅，将他的兒子錄用為中書舍人。