劉元珍，字伯先，江蘇無錫人。
萬曆二十三年(1595)進士。
起初授職南京禮部主事，進為郎中，父母年歲大了，劉元珍回家贍養他們。
後又起用為南京職方郎中，淘汰軍營中老弱的士兵，每歲節省銀兩二萬多。
萬曆三十三年(1605)京官考察，吏部侍郎楊時喬、都禦史溫純，将宰相府的錢夢臯等全部貶退。
大學士沈一貫秘密為之斡旋，皇上下诏給事中、禦史被貶退的都留下，而且沒發下考察的奏疏。
劉元珍正當服喪期滿等待依次補缺，上書直言：“沈一貫自從執掌朝政以來，親近小人，窩藏奸險的人，憑借權勢謀取私利，竊取朝廷的恩惠以獲取好的名聲，欺君罔上的不忠，沒有比這更大了！從古至今，小人沒有比這更大！最近看到錢夢臯有奏疏，每每用朋黨之名強加于人。
從古至今，小人沒有不用朋黨之說先控告好人的。
這關系到治亂安危的大事，不是小事情。
”疏奏上，被留在禁中，沈一貫趕緊為自己辯護，乞請明示獨斷之意，好讓衆人放心。
錢夢臯也诋毀劉元珍是溫純的鷹犬。
奏疏皇上都沒有批示。
沒有多久，曉谕朝廷大臣以留用言官的緣故，将劉元珍降一級，調到邊境。
沈一貫假裝申救，給事中、禦史侯慶遠、葉永盛等也替他争辯，皇上皆不聽從。
當時員外郎賀燦然、南京禦史朱吾弼相繼讨論京察。
主事龐時雍則直接攻擊沈一貫欺君罔上罪行十條、誤國之罪十件，并且說：“沈一貫财富日日增加，陛下