軍在釜山海口布防，朝鮮局勢基本平定。
不久，日本派小西飛進貢，于是侵犯鹹安、晉州，逼近全羅。
提督李如松急忙派遣李平胡、查大受屯兵南原，祖承訓、李甯屯兵鹹陽，劉纟廷屯兵陝川，防範敵人進攻。
倭寇果然分兵侵犯，各将領都取得一定勝利，倭寇于是從釜山移到西生浦，把朝鮮王子送回。
皇帝命令李如松大部隊撤回，隻留劉纟廷和遊擊吳惟忠一共七千六百人，分别扼守各軍事要地。
總督顧養謙極力主張全部撤兵，劉纟廷、吳惟忠也先後回國。
播州土著首領楊應龍叛亂，提拔劉纟廷為四川總兵官。
劉纟廷駐兵朝鮮二年，頗為辛苦，企圖讓朝廷勘驗功績破格提拔，于是賄賂禦史宋興祖。
宋興祖把這事報告了上面，按法律應該革職。
吏部讨論以為劉纟廷功勞較多，請求全部革除在雲南時加封的官階，以副總兵的職位鎮守四川，不久因為楊應龍請和，而青海盜匪多次騷擾邊防，特地設置臨洮總兵官，調劉纟廷擔任。
萬曆二十四年(1596)三月，火落赤、真相、昆都魯、歹成、他蔔囊等部族搶劫少數民族地區，窺視内地。
劉纟廷的部将周國柱等人在莽剌川打敗他們，斬首一百三十多人，繳獲牛馬及各種家畜二萬多。
皇帝為此告祭郊廟，宣傳捷報。
劉纟廷等人不同程度地得到提升官級，蔭封後人。
第二年五月，朝鮮第二次用兵。
下诏劉纟廷擔任防禦倭寇的總兵官，提督漢人土著士兵前往讨伐。
直到次年二月才抵達朝鮮，楊鎬、李如梅已經失敗了。
經略邢階于是将部隊分為三部，中軍董一元，東路麻貴，西路劉纟廷，而讓陳瞞專門負責水軍。
劉纟廷在水源紮營，倭寇也分兵三路，西路行長據守順天，挖很深的溝壕，加固防守的栅欄。
劉纟廷想引誘并捉住他，派使節請求跟他約定日期會見。
使者三次返營，劉纟廷每次都一個人騎着馬在路途中等候，行長偵察得知，于是信以為真。
約定在八月初一日會見。
到了約定日期，劉纟廷的部下洩露了這一計謀，行長大驚，逃走了。
劉纟廷進攻失敗，監軍參政王士琦不高興，想把他捆綁到中軍。
劉纟廷害怕，極力督戰攻破敵營，敵人退走不敢迎戰。
各将分三路出擊，劉纟廷挑戰獲勝，将匪徒趕入大城中。
不久，匪徒聽說平秀吉死亡的消息，準備逃跑。
劉纟廷在半夜攻取粟林、曳橋，取得很大的戰果。
石曼子帶領水軍營救，半道上被陳瞞的水軍在海上擊敗。
行長于是放棄順天，乘小船逃走了。
凱旋回師，提升劉纟廷為都督同知，世世代代蔭封千戶職。
于是調集軍隊征伐楊應龍。
正好四川總兵官萬鏊罷官，立即讓劉纟廷代替他。
這時軍隊分為八路，四川占了四路。
川東又分為二路，其中以綦江道最重要，命令劉纟廷把守。
楊應龍熟悉劉纟廷的才幹，很害怕，更加加強兵力防守要害之地。
萬曆二十八年(1600)正月，各将攻克丁山、銅鼓、嚴村，于是進軍直搗楠木、山羊、簡台三個山洞。
山洞非常險要，敵将穆照等數萬人連營紮寨，各将領都很害怕。
劉纟廷調遣兵力從三面攻敵，在李漢壩打了一場大仗，活捉敵軍頭目，其