朱燮元，字懋和，浙江山陰人。
萬曆二十年(1592)進士，授職大理評事。
提升蘇州知府、四川副府，改派廣東提督學校。
在任右參政時稱病回家。
起用為陝西按察使，改任四川右布政使。
天啟元年(1621)，提升為左布政使。
準備上京朝拜皇帝，正好永甯奢崇明叛亂，蜀王邀請朱燮元治軍。
永甯是古蔺州之地，奢氏是倮亻羅的後裔，洪武時歸附，世世代代做宣撫使。
傳到奢崇周這一輩，沒有後代。
奢崇明請求世襲代理此職，他外表上很謙恭而内心卻很陰險，他的兒子奢寅尤其兇猛殘暴喜歡叛亂。
當時下诏給事中明時舉、禦史李達征召四川兵支援遼東。
奢崇明父子請求随軍遠征，先派土著頭目樊龍、樊虎帶兵到重慶。
巡撫徐可求淘汰老弱病殘，軍饷又接不上來，樊龍等人于是造反了。
殺死徐可求和參政孫好古、總兵官黃守魁等人，明時舉、李達受傷逃跑了。
這時是九月十七日。
強盜于是占領了重慶，播州遺黨以及各亡命的奸邪之人都紛紛起兵響應。
強盜的同夥符國祯襲擊攻陷了遵義，很多城鎮都失陷了。
奢崇明僭号稱王，設立丞相五府等官職，管轄他的部下和周邊的少數民族數萬人，分路直奔成都。
攻陷新都、内江，全部占領了木木卑、龍泉各關隘路口。
指揮周邦太投降，冉世洪、雷安世、瞿英戰死。
成都守衛部隊隻有二千人，糧饷不足。
朱燮元傳令征調石石主、羅綱、龍安、松、茂各道兵來支援成都，搜集二百裡之内的糧食運到城中。
和巡撫禦史薛敷政、右布政使周著、按察使林宰等人分城牆防守。
強盜身披皮甲胄，用竹牌制成鈎梯搭在城牆上，在城外用土壘成小山丘，上面架設荊木條，埋伏弓弩手向城中射箭。
朱燮元用火器打退了敵人的進攻，又派人挖開都江堰，利用江水灌滿城外的護城河。
強盜制造浮橋，攻城減少了，于是殺死城内勾通強盜的二百人，強盜失去了内應。
強盜在四面建造望樓，跟城牆一般高。
朱燮元命令敢死隊突擊，殺死三個強盜頭目，放火燒了望樓。
不久援軍逐漸彙合。
登萊副使楊述程因為招募士兵來到湖廣，于是聯合安綿副使劉夯謙、石石主女土官秦良玉的部隊在牛頭鎮打敗強盜，收複新都，其他各路援軍也接連獲勝。
然而強盜也越來越多，每天都挖掘墳墓，抛屍荒野。
忽然從林中傳來一陣喧嘩聲，數千人圍着一個船形物，高一丈、長五十丈、高幾層樓，兩旁包着牛皮，放下木闆就如同平地一般。
一個人披頭散發手拿長劍，上面安插着羽毛旗幟，裡面有數百人拿着弓弩毒箭，旁邊是兩個雲樓，用牛拖着，居高臨下威脅城中。
城内的人全都哭了。
朱燮元說：“這是呂公車。
”于是用巨木制成機關，轉着繩索發炮，發出千鈞的巨石攻打它。
又用大炮轟牛，牛往回跑，敵人失敗離開了。
有一位諸生陷入敵陣，派人說賊人将領羅乾象想要投降。
朱燮元命令他跟羅乾象一起來，在戍樓中高喊喝酒，不解除他的武裝，跟他同吃同睡。
羅乾象誓死報答他，又用繩子将羅乾象放出了城。
從此之後，賊人的一舉一動沒有不知道的。
于是派部将假裝投降，把奢崇明引誘到城下。
伏兵出擊，奢崇明跳躍着逃走了。
正好各路援軍趕到，朱燮元估計強盜将要撤退了，将數百個木牌投入錦江，順流而下，命令有關部門鑿沉舟船，砍斷木橋，嚴兵以待。
羅乾象于是在強盜内部放火，奢崇明逃往泸州，羅乾象于是