不願接受文官的節制。
恰好這時他的部下與廣東軍不和，大肆吵鬧，文燦迫不得已，遣回了南方的軍隊。
但是良玉的部隊事實上不能為他所用。
嗣昌對莊烈帝講了這事，莊烈帝就讓邊防将領馮舉、苗有才的五千人隸屬文燦部下。
有才在真陽戰敗，隻有京營的将領黃得功連連打敗賊兵，威名大振。
當時嗣昌提出了“四正六隅”的策略，增補了一大半官兵和軍饷，試圖一舉消滅賊寇，賊兵相當害怕。
等文燦來後，京軍多次告捷，賊兵更加害怕了。
隻是文燦決心已定，要招降賊兵。
才進駐安慶那陣，文燦就派人招降張獻忠、劉國能，獻忠與國能聽從了招安。
文燦于是大量張貼招降的檄文，又奏請把居民和糧食全都遷入城市裡關閉起來，認為賊兵沒有什麼東西可以掠奪就會自行讓步了。
莊烈帝惱了，把文燦訓斥了一番。
嗣昌心裡也不贊成文燦的辦法，但既然已經任用了他，就隻好設法替他辯解。
根據文燦的申請，朝廷把畿輔、山西的部隊各三千人撥給了他。
第二年，國能果然投降了，張獻忠攻占了谷城。
這時得功又在舞陽大敗賊兵，馬士秀、杜應金半夜裡出降，信陽城拿了下來。
獻忠被良玉重創，幾乎被抓獲，他的部下饑餓、疲憊，逃走了很多人。
獻忠形勢窘迫，也通過陳洪範投降了。
這時嗣昌在評定功過時，貶了洪承疇、曹變蛟等，稱贊了文燦的功績。
後來京軍解除了遂平之圍，斬獲了三千多賊兵首級。
當時文燦在裕州，馬進忠、羅汝才十三家賊兵聚結在南陽。
文燦下令殺死歸順的賊兵要償命，所以賊兵不肯聽命時，官軍就用金帛、酒肉犒勞他們，當時稱為“求賊”。
莊烈帝偵察到這種情況後說：“文燦說大話，并無其實。
”文燦聽說後很是害怕。
孫傳庭出關去攻擊賊兵時，文燦沒有去援救，而嗣昌這時已經進入政府中掌握了中央大權。
九月，文燦駐軍襄陽，賊兵分别盤踞在鄖陽、襄陽一帶的各處險要位置上。
諸将請求出戰，文燦主張兵分幾路，盧九德說“：兵力分散後力量薄弱，一處失利，全軍就會動搖，不如聯合各部分力量一起攻打。
”大家都說好，于是文燦讓佥事張大任監督大将左良玉、陳洪範的軍隊，讓通判孔貞會監督副将龍在田的軍隊，在雙溝跟賊兵開戰，大敗賊兵，斬獲兩千多首級。
羅汝才、惠登相率領的九營賊兵逃往均州，李萬慶率領的三營逃往光山、固始去了。
十一月，京師戒嚴，朝廷召洪承疇、孫傳庭入衛京師。
汝才等以