烈帝不予采用，用嗣昌過去擔任督師。
嗣昌外出擔任督師以後，遞上奏章請撥軍糧，兵部不能完全供給他，嗣昌就彈劾尚書不稱職。
宗龍也彈劾嗣昌，說他白白耗費國家的财力，不能報效國家，還要盛氣淩人，欺負朝臣。
正好這時薊遼總督洪承疇請任命劉肇基為團練總兵官，宦官高起潛又揭發肇基為人懦弱、膽小，宗龍沒有立即答複他們。
莊烈帝就發火了，批評他抵抗聖旨，要他回禀真相。
宗龍的奏章交上後，又被看作是把封疆大事視同兒戲，就因此被關進了監獄。
法司判為充軍邊疆，莊烈帝不同意，想把他處死。
宗龍在監獄中呆了兩年，十四年春季，嗣昌死了，尚書陳新甲推薦宗龍的才幹，莊烈帝一時沒有答話，過了很長時間才說：“他倒是樸實、忠厚。
我用早先的心思任用他，他應該不計前嫌，為我盡死力才是。
”于是把宗龍釋放出來，讓他以兵部右侍郎兼右佥都禦史的官職去接替丁啟睿，總督三邊軍務。
那個時候，李自成有兵馬五十萬，剛剛打下了河南、洛陽，又進犯開封。
羅汝才又從南陽開赴鄧州、淅州，與他會師。
莊烈帝命令宗龍專門懲辦自成。
宗龍打算集結關中的全部軍隊、糧饷出關開戰，但是所屬的府縣發生旱、蝗災害，已經無法應征了。
九月四日，宗龍帶領四川、陝西的兩萬部隊開出潼關，駐紮在新蔡，與保定總督楊文嶽的部隊會合。
然後由賀人龍、李國奇率領陝西部隊，虎大威帶領保定部隊，一起架起浮橋，東渡汝甯，聯合起來開赴項城。
五日，兩支部隊都渡了過去，奔向龍口。
自成、汝才也在上遊架起浮橋，打算奔赴汝甯，偵察到兩個總督的部隊開來，就把精銳兵力都埋伏到樹林中，佯裝統領各路賊兵從浮橋上過河西去。
人龍讓後邊的騎兵偵探敵情，騎兵回來禀報說：“賊兵要向汝甯去了，架起浮橋就要渡過河走了。
”宗龍、文嶽夜間召集諸将，決定明早開戰。
六日，兩支官軍一起進兵，半路上一個騎兵跑回來說“：賊兵全渡過河了。
”又往前走，一個騎兵跑回來報告：“賊兵渡過一大半，三分渡過兩分了。
”宗龍、文嶽說“：往前追。
”又走了三十裡，來到孟家莊，時間已是正午。
人龍、大威說“：馬累了，明天再戰，停止前進紮營休息吧。
”各個部分都下馬解甲，把武器靠