說他當時出使在外地沒死，因此心裡很多天都不痛快。
起先，張若麒、沈迅在刑部的司裡做官，他們準備調進兵部，禦史塗必泓從中壞了他們的事。
必泓，是廷麟的同鄉，所以他們兩個懷疑必泓的奏疏出自廷麟的指使，于是就和嗣昌勾結起來一塊誣陷廷麟。
正好廷麟上書彙報軍隊中的複雜情況，嗣昌起草聖旨時批評他欺騙朝廷，事平以後就把他貶官調到地方上去了。
黃道周一案發生時，供詞中牽扯到廷麟，他本該逮捕，但差官還沒到，道周本人已經被釋放了，廷麟也就不能抓了。
朝廷中并且還有很多人上書推薦他呢。
十六年(1643)秋天，廷麟官複原職任職方主事，尚未上任，都城便失守了。
廷麟痛苦地大哭了一場，着手招兵買馬報效君上。
福王即位後，采納了禦史祁彪佳的薦舉，招廷麟擔任左庶子，他推辭了，沒有到任。
宗室朱統翷上書誣陷廷麟征招一批勇敢的青年漢子圖謀不軌，以姜曰廣作為内應。
福王雖然沒追究，廷麒所招募的軍隊還是疏散了。
順治二年(1645)，南京失守，江西各郡隻有贛州保全下來。
唐王親撰命令加廷麟為吏部右侍郎，劉同升為國子祭酒。
同升從雩都來到贛州，與廷麟商議大舉起兵，然後他們和巡撫李永茂一起，把當地紳士召集到明倫堂裡，勸他們出錢糧充作兵饷。
九月，大清兵駐紮在泰和，守城的副将徐必達戰敗後，這邊廷麟、同升都乘機收複了吉安、臨江。
唐王于是提升他為兵部尚書兼東閣大學士，賜給他尚方寶劍，給他見機行事的權力。
十月，大清兵攻打吉安，必達戰敗後投河自殺，正好廣東的援兵到來，大清兵于是撤退到峽江。
後來萬元吉來到贛州。
十二月，同升死了。
三年正月，廷麟親赴贛州，把峒族人張安等四營兵招降，改稱龍武新軍。
廷麟得知唐王将從汀州來贛州，打算前往迎接，讓元吉代守吉安。
不久，吉安又失陷了。
元吉退保贛州，四月，大清軍隊兵