餘佑，字子積，鄱陽人。十九歲拜胡居仁為師，居仁将女兒許配給他。..于弘治十二年(1499)中進士，授南京刑部員外郎，因得罪太監劉瑾而落職。劉瑾被誅後，又起任佑為福州知府。鎮守太監購物不付錢，民衆向餘佑控告，佑安慰他們，答應将此情形上報朝廷，鎮守太監害怕了，稍有收斂，但卻懷恨在心，遣人入京告訴其黨羽：“不除去餘佑，鎮守什麼事也辦不通。”但佑素來清廉，抓不到把柄。不久，調任山東副使，父親去世，歸家守喪。三年期滿，起任徐州兵備副使。宦官王敬運宮廷所用之物入京，多挾持商船，因與知州樊準、指揮王良不和，王良揭發他攜帶違禁物品，王敬畏罪，去求佑為他解脫，佑不允。敬誣奏樊準等毆打他，一并将餘佑逮捕，被貶為南甯府同知。稍後，調任韶州知府。他投呈自劾，辭官而去。嘉靖初年調任雲南布政使，因太仆寺召他回京而未成行，改為吏部右侍郎，此時，佑已去世。
佑墨守其師胡居仁的學說，在獄中著《性書》三卷，其中說道，程朱專以“誠敬”二字教人，學者若真能去掉不誠不敬便可，否則不能達到古人的修養境界。當時王守仁著《朱子晚年定論》，認為朱子之學最終歸于存心養性。餘佑則認為“：朱子論心學有三個階段的變化，存齋記述他的話，是他年少時的見聞，後見到延平，才感到過去所說的不對，聆聽五峰之學于南軒，其言論又有變化。最後改定了已發表或未發表的言論，然後本質與現象不偏廢，動靜交相作用，這就是朱熹最後的定論。怎能把朱熹少年時的見識說成是晚年的定論？”這種見解公開後，守仁的門徒也不敢非難。