黃佐，字才伯，香山人。祖父黃瑜，曾任長樂知縣，以其學問、德行聞名于世。佐于正德年間鄉試第一名，至世宗即位後才舉進士，選為庶吉士。嘉靖初授編修，陳奏世宗即位後應進行的重要政務，又建議實行新政，這些奏章均被扣留下來未進呈皇帝。不久，省親回家，便道拜見王守仁，與他談知行合一的學術理論，相互辯駁，守仁也認為佐耿直信實。還朝恰逢朝廷要将諸翰林調出京，在外任職，于是佐調任江西佥事，很快又任廣西督學。聞母病，請求退休，不等朝廷批準就走了，朝廷将他交巡撫林富問罪。林富認為，佐擅自離職确實有罪，但這是為親受過，情有可原，隻令退休就算了，不必判罪。
佐在家住了九年，又起任為宮廷官員，命為編修兼司谏。不久進升侍讀，掌管南京翰林院。後召回北京為右谕德，又升南京國子監祭酒。母親去世，他服孝期滿，起任少詹事。佐谒見大學士夏言，與他讨論河套的事，兩人意見不合。這時吏部左侍郎缺任，有人推舉黃佐及禮部右侍郎崔桐。給事中徐霈、禦史艾樸都認為“：桐與左侍郎許成名競争該職位，以至于相互辱罵；而佐與同官王用賓也争想謀此職位，唯恐對方占先；最好都不任用。”夏言做堆積出決定：都不任用。
佐的學問是以程朱理學為指導思想，但關于理氣之說，獨持一論。平生著述有二百六十餘卷。其《樂典》一書，自稱透露了自然界之奧秘。終年七十七歲。穆宗诏贈禮部右侍郎，谥文裕。