瞿九思，字睿夫，黃梅人。其父瞿晟，嘉靖三十二年(1553)進士，官至廣平知府。曾主持鑿長渠三百裡，灌田數十畝。
九思十歲随父親在吉安，拜羅洪先為師。十五歲做《定志論》，後與同鄉耿定向交遊，學問更加長進。萬曆元年(1573)鄉試中舉。在家鄉居住兩年期間，縣令張維翰違制苛征，百姓十分氣憤，聚集起來毆打縣令，維翰認為是九思煽動的，将他以倡亂罪逮捕。巡按禦史向程彈劾維翰激起民變，吏部尚書張瀚認為禦史的彈劾是錯誤的，九思因而被長期流放于邊塞。子瞿甲年十三歲，上書數千言為父伸冤。甲之弟瞿罕也到朝廷上書，請求寬宥其父。屠隆做《訟瞿生書》，遍告于朝廷内外。馮蘿祯也向湖廣當局說明九思蒙冤的事，張居正原來就看重九思的才學，如此種種原因，九思終于獲釋。嘉靖三十七年(1558)，由于撫按的推薦，授九思為翰林待诏。九思力辭不受。朝廷令當地官府每年給九思米六十石，直至終年。九思做《樂章》及《萬曆武功錄》，遣子罕到朝廷進呈皇帝。年七十歲而逝。
九思學問極為淵博，其文章雖不典雅，然當時那些好古之士也很少有人能與他相比。