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三賊逃到沙井，燧計劃自江外乘其不備予以逮捕，但是那夜大風大雨，未能成功，三賊躲藏于宸濠的祖墳中。
燧秘密上疏，向朝廷報告盜賊的情形，并且說宸濠必反。
連續上疏七次，都為宸濠半途截獲，而未能到達朝廷。
宸濠非常憎恨孫燧，設宴毒害他，燧未死。
燧請求辭職，朝廷不準，他十分憂懼。
正德十四年(1519)，宸濠強迫鎮巡官向朝廷奏陳其“孝行”，燧與巡按禦史林潮想藉此延緩宸濠反叛的陰謀，于是共同将宸濠的“孝行”奏于朝廷。
朝廷正要降旨譴責孫燧等人，恰巧禦史肖淮揭發了宸濠一切不軌行徑，朝廷诏令重臣宣布。
宸濠聞訊，便決意起兵反叛。
六月十三日是宸濠的生日，宴請鎮巡三司。
十四日，燧與諸大吏去向宸濠道謝，宸濠預設伏兵，燧等來時，聲稱太後诏令他起兵讨賊。
衆人相顧失色，不知所措。
燧向前說道：“這是說哪裡話，請把诏書拿出來我們看！”宸濠說“：不必多講，我要去南京，你給我扈駕。
”燧大怒道“：汝命不長了，天無二日，我豈能從你為逆！”他急起要走，但已走不出去了。
宸濠入内殿，換上軍裝，指揮士兵縛住孫燧。
許逵奮起喝道“：你們怎能侮辱天子大臣！”以身擋燧。
賊也把逵捆綁起來。
二人大罵。
賊把燧的左臂折斷，與逵一同拉出去了。
逵對燧說“：我之早勸公先發制人，是因為料定會有今日。
”燧與逵同被害于惠民門外。
巡按禦史王金、布政使梁宸以下，都向宸濠叩頭，高呼萬歲。
宸濠舉兵反叛，任命三賊為将軍，首先遣婁伯進軍進賢，為知縣劉源清所斬。
宸濠招窯賊響應，賊怕守吏而不敢動。
宸濠大肆搜索城中軍械，城中軍械早已轉移了，以緻其兵卒多持木棍。
伍文定起兵抗賊，設孫燧、許逵二人的靈牌于文天祥祠内，率吏民祭祀恸哭。
南贛巡撫王守仁也起兵平叛。
叛軍逃往安義，全部落網，無一逃脫。
人們更思念燧的功績。
世宗即位，贈燧為禮部尚書，谥忠烈，與許逵一起在南昌建祠祭祀，各蔭一子。
燧子堪聞父被害，率兩弟墀、升趕到南昌，這時宸濠已被擒，兄弟三人扶父親靈柩歸葬。