龔萬祿，貴州人。目不知書，有膽識，臂力過人。曾随劉纟廷征讨楊應龍，戍守建武所。
奢崇明謀反，衆推萬祿為遊擊将軍，主持軍務。指揮李世勳，名次本在萬祿之前，現在也受萬祿節制，努力固守建武所。崇明企圖進犯成都，但怕萬祿抄他的後方，遣部将張令去說降萬祿。張令卻與萬祿串通，騙崇明說萬祿願降。崇明果然另派将官來建武所戍守，萬祿脅迫這個被派來的将官投降，并誘殺了崇明的許多士卒。萬祿又裝扮成平民到叙州，對該州副使徐如珂說：“賊精兵集中在成都，留在老巢的都是些老弱。若能借我一萬人馬去搗其巢穴，崇明必會回軍援救，這樣便可立即解成都之圍。”如珂認為此計甚妙，但不采納。
不久，崇明全力攻建武所，萬祿在十裡外攔截，兵少敗回。建武被攻陷，世勳與其家屬自焚。萬祿親手殺其兩妾、兩孫，然後自刎，未死。又手執長矛飛奔而出，大呼：“我就是龔萬祿，誰敢來追我！”賊面面相觑，不敢靠近。萬祿走至叙州，向巡撫朱燮元求救兵收複了建武所。這時官軍敗于江門，賊四面來攻，萬祿力戰三日，終與其子崇學犧牲。朝廷诏贈都督佥事，立祠賜祭，蔭後代為百戶。