許文岐，字我西，浙江仁和人。祖父許子良，曾為巡撫貴州右佥都禦史，父親許聯樞，曾任廣西左參政。文岐于崇祯七年(1634)中進士，授南京職方郎中。江北農民起義烽火遍地，文岐輔助尚書範景文進行防禦，景文十分倚重于他。後調任黃州知府，在與義軍交戰中，曾射殺義軍首領一隻虎，奪大旗而還。獄中有判重刑的囚徒七人，文岐放他們回去省親，規定時間回獄，這七人果然守約，于是請求上官寬免其罪。
崇祯十三年(1640)，調任下江防道副使，駐蕲州。義軍賀一龍、蔺養成等部聚集于蕲州、黃州一帶，文岐嚴密防備。義軍張雄飛部南渡長江，文岐命遊擊楊富去襲擊，燒毀義軍船隻，迫使義軍放棄這次渡江計劃。巡撫宋一鶴将文岐這次軍功上報于朝廷。副将一龍善用兵，文岐很器重他。曾共宿一帳中，半夜軍中呼喊，文岐說：“這是奸人想乘夜逃跑。”仍卧床不動。天明，有叛兵百餘奪門西逃，一龍追捕而盡殺之，全軍肅然。楊富久鎮蕲州，一鶴又派參将毛顯文去，楊毛二人不和，弄得兵民不安。文岐召二将，于宴會上消除二人的猜疑。
崇祯十五年(1642)，左良玉的敗兵南下，大肆劫掠百姓。文岐立馬于江口等待，潰兵不敢侵犯。這時，起義軍勢力大盛，形勢緊迫，人心惶惶，而文岐已升為督糧參政，正要啟程赴任，見此情形不禁歎息說：“我為天子守此孤城已經三年，其職責應死守疆土，如今危急，我為何離開。”于是令其妻送母親返鄉，令楊富、毛顯文率兵屯兵城外做固守的準備。不久，荊王府的将校郝承忠暗中與張獻忠相通。十六年，義軍大舉進攻蕲州，文岐進行頑強抵抗。半夜大雪，義軍攻破西門，文岐與義軍巷戰，兵敗被執。獻忠聞文岐之名，當時沒有殺他，而關押在後營。與他同關在後營的還有舉人奚鼎铉等數十人。文岐悄悄對他們說“：我看賊老營多是烏合之衆，數萬兵卒都是被俘良民，若對他曉以大義，與我們同心協力，賊可殲滅。”于是暗中聯系，約定四月行動，以柳圈為号。這密謀被洩露了，獻忠進行搜索，果然搜到了柳圈，将文岐斬首。這是文岐被捕七十餘天後發生的事情。朝廷聞知，贈文岐太仆寺卿。