祝萬齡，湖廣鹹甯人。父親祝世喬，遠遊不歸。萬齡十五歲單身去尋找，行程數千裡，終于找到父親。後由選貢授南康通判，為官清廉謹慎。
萬齡拜同鄉人馮從吾為師，萬曆四十四年(1616)中進士，授保定知府。天啟六年(1626)，魏忠賢盡毀天下書院，萬齡非常憤怒。魏忠賢黨人李魯生彈劾萬齡，散布訛言，說天變、地震、物怪、人妖等，都是由于書院所造成的。萬齡因而被撤職。
崇祯初年，起任萬齡為黃州知府，他在黃州把本府生員召集于定惠書院，以儒家正學來開導他們。在黃州任職三年後，調為河南副使，監軍磁州。輝縣之北與山西陵川之南，有個水峪村，是農民起義軍老回回部的根據地，在此已數十年。萬齡與山西監司王肇生合兵進剿，大戰六次，焚燒三百餘裡，攻克此村。萬齡因功加右參政之職。
義軍由山西入河北，進攻新鄉。萬齡截擊，義軍轉戰陵川，其後又攻新鄉。萬齡戰敗，削職歸家。湯開遠為他伸冤，無效。許久以後，廷臣交相舉薦，正準備任用，西安為義軍所陷。萬齡赴關中書院，哭拜先聖，上吊自盡。泾陽人佥事王征、太常寺卿耀州宋師襄、鹹甯人懷慶通判窦光儀、長安人儀封知縣徐方敬、鹹甯人芮城知縣徐芳聲、明王朝宗族舉人米誼及舉人席增光都在西安，城破被殺。