疑而将他逮捕。
對他嚴刑審問他都不承認，妻妾子弟都被拷打得體無完膚。
陳矩心想..生光即便是冤枉，但先前的罪名已夠判他死罪，而且此案如果沒有主犯，皇上必定非常憤怒，恐怕将輾轉牽連不已。
禮部侍郎李廷機也認為..生光前面的詩句與妖書詞語相合。
于是定案，..生光被淩遲處死。
沈鯉、郭正域、周嘉慶以及其他受牽連的人，都賴陳矩得以保全。
三十三年(1605)陳矩執掌司禮監，仍提督東廠。
皇上想杖打提建議的參政姜士昌，因陳矩的勸谏而止。
雲南百姓殺死稅監楊榮，皇上想全部逮捕暴亂的人，也因陳矩的勸解而得以避免。
第二年他奉诏令向囚犯訊察決獄的情況，禦史曹學程因為阻攔日本酋長的報告，被關在獄中已将近十年，法司請求陳矩放他出來，陳矩推辭說不敢。
過後他偷偷告訴皇上。
曹學程竟得釋放，其他人也多獲得平反。
又過了一年，陳矩去世，皇上賜給祠堂匾額叫“清忠”。
自從馮保、張誠、張鯉相繼犯罪後，他們的黨羽有所警戒，不敢肆意妄為。
皇上也厭惡他們結黨太盛，出了空缺多不再補。
到了晚年，弄權的人寥寥，東廠獄中甚至長出青草。
皇上的日常膳食原由司禮監輪流供給，後來司禮監無人，由乾清宮的管事牌子常雲獨自承辦，因此偵探稀少，中外相安。
但四方采辦的宦官，實是皇上放任他們，所以他們貪婪肆虐，民心怨憤，不久終于導緻了禍亂。