崔景榮的書信為自己辯白，而魏忠賢的怒意已不可消解。
于是他上書請求退休，皇上不許。
過了兩個月，魏忠賢假傳聖旨懇切責備廷臣，其中說到“朕正遵循舊章理政，而說什麼‘朝政日亂’；朕正遵照堯舜所為，而說什麼‘不大相同’”，這即指魏廣微奏疏中的話。
魏廣微更害怕了，乞求顧秉謙為他調解，魏忠賢怒意才消了一點。
但魏廣微仍然心中不安，又三次上疏請求退休，五年(1625)八月獲準離去。
魏廣微先前已加封為少保、太子太傅，改任吏部尚書、建極殿大學士，至此又加封為少傅、太子太師，庇蔭他的兒子為中書舍人，賜給白金一百、坐蟒一條、彩币四表裡，并用郵車，派行人官護送他回家。
給他的典禮如此優厚，是因為看在從前的親善關系上。
過了兩年，他死于家中，贈給他太傅，依制度給與撫恤。
顧秉謙起草聖旨，每事都順從魏忠賢的旨意。
先前他假傳聖旨将主考官王乾學治罪，又起草聖旨殺害楊漣、左光鬥等人。
隻有周順昌、李應升等人被投進诏獄，顧秉謙請将他們移交法司，不讓他們死得不合法。
宦官出去鎮守，顧秉謙撰寫皇上谕告，過後又與丁紹轼請求停罷此事。
兩事前後稍有矛盾。
馮铨既已入閣，他們同黨中日夜傾軋，群小們也各自支持一方。
顧秉謙心中不安，屢次上疏請求退休，比魏廣微晚一年退休離去。
崇祯元年(1628)，他被言官祖重晔、徐尚勳、汪應元彈劾，皇上命将他除名。
後來，判他交結貼身宦官，打進逆案中，判三年徒刑，他自贖為民。
二年，昆山百姓積怨他，聚衆焚燒了他的家。
秉謙年已八十，倉惶逃竄到漁船上得以幸免，于是向朝廷獻出窖藏白銀四萬兩，寄居在别的縣，一直到死。
魏廣微也被追奪官銜，列入逆案之中，判戍邊。