五年，修築了武定府新城，巡撫呂光洵派鄭立宏回武定府執掌舊業。
鄭立宏，就是以前與索林一起想謀殺繼祖的那個人。
他一回到武定，繼祖就将他捆綁起來殺了，并率領衆人攻打新城。
臨安通判胡文顯督促百戶李鳌、土舍王德隆前去援救，到雞溪子隘時遭埋伏，李鳌、王德隆都戰死。
佥事張澤也帶領尋甸的軍隊二千多人前去救援，亦被打敗，張澤和千戶劉裕被俘。
鎮巡官敦促各道的軍隊一同進剿，将繼祖逼到東山寨包圍起來。
繼祖害怕了，帶着張澤和索林逃到照姑，不久又殺死張澤。
官軍追趕很急，繼祖便從真勒渡過江，奔向四川，投靠東川嶽父母家。
巡按劉思問聽到以上情況後，命令雲南、四川一起會兵讨伐賊人。
原先，繼祖之所以逃向東川，是因為土官鳳氏與他有往來。
現在看到雲南、四川的官軍與土舍祿紹先等人的軍隊都會合在一起，鳳氏便背叛繼祖，發士兵七千人來支援官軍，繼祖的處境更加窮促。
繼祖手下的首領者色跑到祿紹先的軍營裡投降，将繼祖的頭顱獻給官軍。
姚縣的土官高繼先又擒捉了繼祖的餘黨，姚安府的同知高欽、高欽的弟弟高鈞以及主要謀士趙士傑等人都伏法被殺。
守衛大臣讨論是否在武定設流官統治，朝廷還不想斷絕鳳氏，給索林的支系親屬鳳曆的兒子鳳思堯授予經曆官職，讓他管轄一百多個村莊。
鳳曆因朝廷沒授予他知府職位對朝廷産生怨恨情緒，暗地裡勾結四川七個州和水西的宣慰安國亨圖謀作亂。
流官知府劉宗寅派人勸谕他，他不聽，還聚集衆人稱鳳思堯為知府，夜裡襲擊武定府的府城。
他們看到城内嚴密防守不能進入時，便退兵駐紮在魯墟。
劉宗寅夜間出兵，殺進敵人的軍營，亂賊潰逃。
劉宗寅帶人追到馬剌山，活捉了鳳曆，将他按法處決。
萬曆三十五年(1607)，繼祖的侄子阿克長久遷居在金沙江外，賊人鄭舉等誘騙阿克作亂，暗地裡勾結金沙江外會川的各蠻族人，攻陷武定，大肆搶劫。
他們還接連攻破元謀、羅次等城，索讨武定府的官印。
此時正好流官知府将官印帶到會城去了，得不到，他們便以沒有官印無法号召百姓為由，劫持推官，請求朝廷發給他們冠帶和印信。
鎮撫官因為大軍沒有集結，害怕他們，便派人将武定府的官印授予他們。
他們退入武定府，立阿克為知府。
鎮撫官調集了土兵之後，分五路進剿，先後攻克了武定、元謀、羅次、祿豐、嵩明等州縣，将阿克及其同黨抓送到京城，在鬧市中将他們車裂而死。
武定府平定之後，全都設置流官來統治該地區。