後暴死，内外之人都懷疑是閻文應害死的。
”皇帝于是将閻文應派出朝廷去做泰州兵馬钤轄。
但又以其有病為由将其留在宮中。
姚仲孫再次上奏。
閻文應終于立即出宮了。
以起居舍人的身份任知谏院，管理國子監。
又以尚書戶部員外郎兼侍禦史知雜事。
當時朝中共有谏議大夫十二人。
姚仲孫向皇帝建議說“：谏議大夫都是朝廷選官，不應以年歲為序晉升提拔。
現在從寺卿至前行郎中共有三十五個，與他們職位相近者還不包括在内。
如果以年勞授職，則數年之後，谏議大夫人數會越來越多。
請把選舉制度定難一點。
隻留那些有才望之臣。
其餘的都去替補卿監之位。
”皇帝乃下诏将當選者上報朝廷并聽候禦旨。
這之前，各路再任提點刑獄者，回朝之後大多被擢升為省府官。
姚仲孫請考核他們的政績，将結果分為三等以作為升黜标準。
皇帝再下诏要姚仲孫制定考課辦法。
姚仲孫曆任三司戶部、度支、鹽鐵副使，再進天章閣待制、河北都轉運使。
在職期間，他大修城壘兵備。
宋仁宗為此下诏對他進行褒獎。
權知澶州時，黃河水害，沖壞了明公堤，浮橋亦被沖斷。
姚仲孫親臨堤上指揮，一夜努力又将堤修複了。
權知大名府時，又晚上率禁軍堵塞黃河邊的金堤決口。
這年，澶州、魏州雖發大水，但老百姓并未受到洪水的威脅。
再進禮部郎中、龍圖閣學士。
後又遷升陝西都轉運使，但沒有成行。
代理三司使事。
皇帝又将西北備邊之事囑托于他。
招募軍隊，增加駐兵，以及賞賜、聘問等所需費用，多得不可計算，但這一切姚仲孫都能盡心經營。
即使病了，也一點不耽誤公事。
後來是因為一個小吏僞造文符，姚仲孫受到株連。
黜為蔡州知州。
因母親去世哭瞎了一隻眼睛，不久即死去。