帝的命令，令曾肇替皇上起草诏書，将這一意見曉谕天下。
曾肇拜見皇上說：“陛下想建立公正的制度，消除朋黨門戶之争，必須預先分清楚君子、小人，賞善罰惡，不能有所偏廢。
”全面詳細地闡述了這一意見。
不久诏令就從這一主張中産生了。
曾布升任宰相時，恰好碰上該曾肇起草委任狀。
宋朝的學士中弟弟替哥哥起草委任狀的，隻有韓維、曾肇兩人，士子們都引以為榮。
建中靖國元年(1101)，太史上奏書，說四月又有日食。
曾肇奏說“：接連幾年正陽位置發生日食，災異很顯然。
陛下簡樸、清淨無為的程度是否比前低？聲色犬馬等奢侈的愛好，是否有時在心中蠢動？忠臣奸臣、賢人不肖之徒的分别是否還不徹底？獎懲是否還有不當之處？左右小臣，阿谀奉承，阻礙别人的意見，假借您的名義提拔人，老百姓有冤屈無處申訴。
這些都應該反省檢查，自責自勉，以免再發生天變。
”說完淚如雨下，皇帝采納了他的意見。
其兄曾布任宰相，曾肇因此按照親屬間相互回避的有關規定，不能任谏官，改任龍圖閣學士、提舉中太一宮。
不久，出任陳州知州，曆知太原、應天府和揚定二州。
崇甯初(1102)，被削職，貶任和州知州，又徙嶽州，接着貶為濮州團練副使，安置在汀州。
四年(1105)，回到潤州而死，死時六十一歲。
從熙甯以來四十年間，大臣輪流執政，邪正互相傾軋，朋黨之争屢次發生，曾肇處在夾縫中，卻與他們都合不來。
其兄曾布同韓忠彥一起任宰相，天天圖謀排擠走韓忠彥。
曾肇已任地方官，寫信對曾布說：“兄長正得到君主的信任，應當引薦好人，走正道，以杜絕章..、蔡卞這種壞人重出害人。
然而幾個月以來，世人稱道的正人君子，相繼離開了朝廷，被進升為輔佐、侍從、台谏等高官要職的，往往都是從前追随章..、蔡卞的。
一旦你的權勢完了，這些人就會隻顧保全自己的位置。
想來都令人寒心。
從前的章..、蔡卞雖然沒來，但一個蔡京，壞的程度就夠這兩人之和了。
不可不深思啊。
”曾布不聽從他。
不久，蔡京升到宰相地位，曾布、曾肇都不免遭殃。
曾肇天性仁厚，容貌端莊嚴肅。
從小就認真學習，博覽經書史傳，寫的文章溫和、圓潤而有章法。
曆任十一州，大多有善政。
紹興初得谥号文昭。