侍奉雙親為由，上書朝廷請求歸家。
改任将作少監，分管南京，居住于曲江。
不久授任左神武軍大将軍、雅州刺史、壽州兵馬钤轄，他推辭不去上任。
又改任衛尉卿、知虔州。
其父死，歸家。
侬智高在邕州起兵叛亂，乘勝掠占九個郡，并派兵包圍了廣州。
朝廷為了平息這場叛亂，即起用餘靖為秘書監、知潭州，又改知桂州，诏令廣南西路受餘靖節制。
侬智高向西逃往邕州，餘靖估計到他必定與交趾結盟，并脅迫當地諸峒人以為援助，于是與李德政相約，集合兵力在邕州圍剿叛賊，并儲備了上萬人所需的糧食在邕州等待侬智高。
朝廷亦下诏給李德政缗錢二萬以幫助他起兵，并約定，平息叛亂後再賞賜他缗錢二萬。
又招募侬、黃各姓的酋長，給他們封官，使他們不與侬智高勾結。
接着朝廷派狄青、孫沔率兵讨賊。
狄青擊退交趾，使侬智高失去援兵，最後平息了叛賊。
就地升遷餘靖為給事中。
禦史梁..認為餘靖讨叛賊，立功很大，而賞賜太輕了，于是又升他為尚書工部侍郎。
當時，狄青的部隊還沒到達時，戒令各部将不得出戰。
餘靖強迫钤轄陳曙出戰，失敗了。
狄青到達後，按軍法處斬了陳曙及袁用等人，餘靖為此也誠惶誠恐。
等各将領班師回朝後，隻将餘靖留在廣西。
餘靖派人到特磨道擒獲了侬智高的母親、兒子、弟弟三人，将他們押送到朝廷。
加封餘靖為集賢院學士，徙知潭州，又遷任知青州。
交趾蠻申紹泰攻打邕州，殺了五個巡檢官。
朝廷又委任餘靖為廣西安撫使。
他到任後即召來交趾用事臣費嘉..，質問他這是怎麼一回事？費嘉..即報告說是邊境當地的各種族部落相互侵犯，誤傷了官軍，他們願意歸還所掠奪的财物并押交肇事的罪人，以此贖罪。
餘靖相信了他的話，重重地感謝他，并放他走了，而費嘉..回去後則再沒有回來了。
知廣州，官至工部尚書，代歸，卒。
三司使蔡襄上書為餘靖申言，朝廷特贈他為刑部尚書，谥号曰襄。
餘靖曾經夢見有神人告訴他死的時候的官職以及死的地方在秦亭，所以餘靖常常害怕向西去。
等到他死了，才知是江甯府秦淮亭。