職權，使互相牽制，不可以曲從有關部門便利，而敗壞已經形成的制度。
”元..初年，王存還任戶部尚書，堅決辭謝不接受。
元..二年(1087)，授任中大夫、尚書右丞。
元..三年，升任尚書左丞。
有人建議廢除京畿内保甲，王存說：“現在京師兵員越來越削弱，又廢除保甲不予教練，這不是國家根本長久之計。
何況先帝不畏艱難而為之，既然已經就緒，無故而廢除它，這不行。
”門下侍郎韓維被罷免，王存說：“除去一個正直的人，天下失望，忠臣喪氣，讒言邪佞之人将争相進用了。
”又論杜純不應罷免侍禦史，王觌不應罷免谏官的職務。
四方各地上奏審判定案大法，刑部援引舊例請求寬大，尚書省屢以無可寬恕拒絕。
王存說“：這是祖宗的制度。
官員想救他，但朝廷破例殺他，可以嗎？”又說“：近來廢除進士專經一科，雜試詩賦，有失先帝貶退詞律、崇尚經術的心意。
”黃河決口向北流已幾十年，水官建議歸回舊有的河道，王存争論說：“原有的河道已經增高，水性趨下，白白浪費财力，恐怕不會成功。
”最終停止了這一工役。
蔡确以寫詩怨恨毀謗獲罪，王存與範純仁想減輕他的罪行，蔡确再貶新州，王存也被罷免，以端明殿學士的身份知蔡州。
開始，王存移任兵部，是蔡确之力。
到這時，因為蔡确而被罷免，士大夫稱贊王存能不記前嫌。
一年多後，加官資政殿學士、知揚州。
揚州、潤州相距一條河，用以前宰相的舊例，王存得以在逢年過節時訪家上墳，拿出皇帝賜給的錢分給鄰裡，又備辦酒食召見父老，親自與他們互相敬酒，家鄉人傳為美談。
召為吏部尚書。
當時，在朝廷朋黨之論漸烈，王存對哲宗說：“人臣各樹黨羽，互相傾軋，誠然不可助長，但如果不明察，那麼濫及好人。
慶曆年中，有人指責韓琦、富弼、範仲淹、歐陽修為朋黨，幸賴仁宗聖明，不為所迷惑。
今天果真有進此說的，希望陛下明察。
”
紹聖初，因年老請求辭官，提舉崇禧觀，遷右正議大夫緻仕。
按照舊制，應得太子少保、少傅，議者指責王存曾建議歸還西夏侵地，所以減除他的恩典，不久降為通議大夫。
王存曾經悲傷近世學士貴為公卿，但祭祀其先人，隻遵循平民的禮制。
等到告老回鄉建築居所，首先營造家廟。
建中靖國元年(1101)，王存去世，終年七十九歲。
贈左銀青光祿大夫。
王存性情寬厚，平素居處謙恭謹慎，不做欺詐過激的事，至于他所堅守的，則剛強不可以剝奪。
司馬光曾說“：一同在萬馬奔馳中能駐足的人，當數王存啊！”