府參謀軍事，前往淮西安撫各軍。
張浚由于劉光世堅持不戰的議論，罷免他，于是命令行營左護軍前統制王德任都統制，又以統制官郦瓊擔任王德的副手。
郦瓊同王德素來不和，呂祉回到朝廷，郦瓊和王德互相到都督府和禦史台控告對方，于是命令王德返回建康，将他的軍隊隸屬于都督府。
八月，又命令呂祉前往廬州節制各軍。
呂祉到廬州，郦瓊等人再次控告王德。
呂祉勸谕他說“：如果以為你們是對的，那是诳騙人。
但張丞相隻喜歡人向前，倘若能夠立功，即使有很大的過錯也會忽略不問，何況這點小小的嫌疑呢？我當盡力為你們辯明，保證沒有其他疑慮。
”郦瓊等人感動淚下。
事情稍為安定，呂祉于是秘密上奏請求罷免郦瓊和統制官靳賽的兵權。
但屬下書吏将其洩漏給郦瓊，郦瓊派人攔截呂祉派遣的送信人員，全部得到呂祉的奏章，郦瓊十分怨恨。
恰逢朝廷任命張俊為淮西安撫使，置宣撫司于盱眙；楊存中任淮西制置使，劉钅奇為副使，置于廬州；诏令郦瓊趕赴行在。
郦瓊害怕了，于是反叛。
衆将早晨拜見呂祉，坐下後，郦瓊從袖中取出文書，交給中軍統制官張王景說：“衆位将官有什麼罪，張統制竟然将這些事報告朝廷呢？”呂祉看見大驚，想返回逃走，來不及，被郦瓊逮住。
張王景和兵馬钤轄喬仲福，統制劉永、衡友被處死。
郦瓊于是率領全軍四萬人渡過淮河投降劉豫，挾持呂祉到三塔，距離淮河三十裡。
呂祉下馬說：“劉豫是逆臣賊子，我怎能見他？”衆人逼迫呂祉上馬，呂祉大罵說“：死就死在這裡！”又對其衆說：“劉豫是叛臣，你們軍中難道沒有英雄豪傑，就這樣跟随郦瓊而去嗎？”衆人頗受感動，共有一千多人在他周圍環立不走。
郦瓊恐怕動搖衆心，急忙策馬首先渡過淮河，呂祉遇害。
當時有人得到包裹呂祉頭發的毛巾回到吳中，呂祉妻子吳氏手持毛巾自缢身亡殉葬，聽說的人都感到哀傷，慶元年間，诏令為呂祉立廟賜匾，以表彰他的忠誠。